En el estreno de la segunda temporada, Harlee encubre el asesinato de su antiguo novio maltratador mientras Wozniak hace un trato con el agente Stahl del FBI para evitar ir a la cárcel, pero pronto descubre que este le ha tendido una trampa. Mientras tanto, el equipo se enfrenta a las consecuencias del robo fallido y Tess lucha para intentar mantener su dolorosa herida de bala en secreto.

Wozniak le declara la guerra a Stahl tras enterarse de que su objetivo es Julia Ayers, amiga íntima de Wozniak, que se presenta a la alcaldía. Mientras tanto, Harlee se sumerge en una investigación que da un giro inesperado sobre su propio pasado y finalmente la pone en el punto de mira de Wozniak y el FBI. En la comisaría, una presencia nueva e inoportuna amenaza con descubrir los secretos mejor guardados del equipo.

Después de que Wozniak evite seguir el juego del FBI, Stahl presiona a Harlee, que acaba implicada en el peligroso plan de Wozniak de liberarse de los federales cazando una presa más grande. Mientras tanto, el oficial de Asuntos Internos Verco conmina a cada miembro del equipo a que descubra lo que realmente le pasó a Donnie Pomp.

Al darse cuenta de que Stahl no se detendrá ante nada para arrestar a Julia Ayres, Harlee decide investigar por su cuenta y determinar si hay algo de verdad en las acusaciones que relacionan a Ayers con la mafia. Mientras tanto, Wozniak se ocupa de un caso de drogas que lo obliga a enfrentarse a los momentos más oscuros de su pasado, la muerte de su hija.

La mafia intenta vengarse de Harlee inculpándola de un asesinato. Wozniak lucha por mantener unido al equipo cuando las evidencias de un antiguo crimen añaden más presión. Stahl se acerca a la verdad sobre Miguel.

Harlee y Wozniak investigan el asesinato de Caroline (la exnovia de Nava), poniendo la relación entre Harlee y Nava en una situación incómoda porque ella no puede revelar su relación con el crimen o el método que usará para resolverlo. Wozniak se centra en determinar qué miembro del equipo está informando a Verco, mientras Loman descubre un secreto mucho más profundo.

Después de que Harlee confiese que ha estado informando al FBI, el equipo tendrá que tratar de asumir su traición y la de Wozniak. Los dos ponen en marcha un plan desesperado para neutralizar a Bianchi. Sin embargo, sus acciones tienen consecuencias imprevistas porque la mafia vuelve a atacar.

Wozniak persigue a Bianchi por romper su acuerdo. Harlee trata de unir al equipo en torno a una misión ilegal para pagar la deuda del hermano de Tufo con un narcotraficante local. Wozniak se enfrenta a la decisión imposible de elegir entre su equipo y Ayres.

Harlee hace el escalofriante descubrimiento de que alguien está enviando mensajes de texto a Cristina como si fuese su expareja Miguel, ya fallecido. El caso de un niño desaparecido lleva a Wozniak a descubrir a un traficante local que usa mulas menores de edad, lo que le recuerda a Loman a qué se debe dedicar su unidad. El equipo se ve atrapado en una brutal emboscada.

Harlee y Wozniak lideran la caza de los hombres armados que emboscaron al equipo y descubrieron el modo de acabar con Bianchi. La unidad cierra filas contra la amenaza de Verco, que finalmente ha obtenido pruebas de su corrupción. Stahl, suspendido en el FBI, intentará por todos los medios vincular a Harlee con la muerte de Miguel.

Los acontecimientos dan un giro trágico cuando Harlee y Wozniak dirigen una peligrosa misión destinada a robar el libro secreto de Bianchi y acabar con el mafioso de una vez por todas. Harlee se verá obligada a recurrir a la ayuda de alguien inesperado.

Harlee ayuda a Nava a cubrir el rastro que ha dejado tras un encuentro violento. Mientras, Wozniak ha de enfrentarse a un fantasma de su pasado con el fin de acabar con un enemigo del presente.

Wozniak se enfrenta al antiguo aliado que le traicionó. Entre tanto, el plan de Stahl para acusar a Harlee de asesinato da sus frutos, lo que fuerza a la agente a acercarse peligrosamente al hombre que vive obsesionado con ella.