Buscando la alianza Toydariana, Yoda viaja a una luna neutral para encontrarse con el rey Kattunko. Sin embargo, Dooku y las fuerzas separatistas interceptan la nave de Yoda, obligándole a evacuar en una cápsula de escape. Asajj Ventress propone una apuesta: mandar a sus mejores tropas para asesinar a Yoda y a los 3 clones que lo acompañan. Si Yoda vuelve con vida, el rey de Toydaria se unirá a la República; pero si muere, se unirá a la causa separatista. Al final, el maestro Yoda regresa con vida y el rey se une a la República al ver que no fue justo ya que Ventres hizo trampa.

Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape.

Anakin y Ahsoka se dirigen a lanzar un ataque en los bombardeadores Y-Wing del Escuadrón Sombra contra el Malevolencia, el cual se dispone a atacar una estación médica, que enfrenta un problema al tener poco tiempo para evacuar. Con el propósito de llegar antes, Anakin guía al Escuadrón Sombra a través de una nebulosa repleta de mantarrayas gigantes. Ahsoka, Anakin y sus tropas llegan a tiempo y resuelven en lugar de disparar al puente del Malevolencia, que su blanco sería el cañón de iones porque vieron que la estación médica no iba a poder evacuar sus pacientes a tiempo. Logran destruirlo y salvar la estación y a sus pacientes.

El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

La falta de soldados de la República ha obligado a jóvenes clones a participar en la guerra antes de terminar su entrenamiento intensivo. Aprovechando la situación, Grievous lanza una invasión a Kamino, para lo cual antes requiere invadir una base en una luna. Cuando el grupo de reclutas que la controla se ve obligado a escapar, el capitán Rex y Cody llegan para hacer una inspección. Tras darse cuenta de lo ocurrido, se encuentran con los reclutas supervivientes y se disponen a defender la base. Tras darse cuenta que no podrán mantener posesión de la base la destruyen para así alertar a la flota republicana del ataque separatista.

Justo cuando Grievous se dispone a atacar la flota de Anakin, este lo embosca con ATTEs detrás de los asteroides que Grievous creía que lo protegían. Ante la caída de sus naves, Grievous se da a la fuga. Anakin intenta perseguirlo, pero un fragmento de metal se entierra en su nave, haciéndola salir de control y estrellándose en los asteroides. Cuando este despierta en el puesto médico del crucero de la república que fue atacado por Grievous, Ahsoka le informa que R2-D2 está perdido en acción. Anakin informa a Obi-Wan sobre el problema: la memoria de R2 aún contiene las localizaciones de sus bases y tácticas de guerra. Para evitar riesgos, Obi-Wan ordena a Anakin que busque a R2 y Ahsoka le consigue un R3 de reemplazo.

R2-D2 logra enviar un mensaje a la nave de Anakin. Mientras tanto el tradoshano lleva a R2 a la estación de espionaje Skytop. Anakin y Ahsoka se infiltran en ésta: Anakin va en busca de R2 y Ahsoka y Rex son atacados por Grievous quien fue alertado por R3 (quien era un espía).

Padmé se dirige en una misión democrática a Rodia, pero es traicionada y emboscada. El virrey mismo ha llegado al planeta para ejecutarla, sin embargo, confunde a Jar Jar con un Jedi y ordena a sus droides a asesinarlo. Jar Jar logra escapar pero destruye la nave de Padmé, quien escapa de la prisión tras engañar a los droides. Ahora Jar Jar tendrá que llegar con Padmé mientras C-3PO intenta contactar a la armada y Padmé trata de convencer al líder de Rodia de seguir con la república.

Ahsoka y Luminara escoltan al virrey Nute Gunray, pero la CSI se disponen a recuperarlo. Para ello envían cápsulas con superdroides de batalla. Tras vencerlos, Ventress entra en secreto y pone bombas dentro de la nave, deshabilitándola. Luego se dirige a sacar al virrey de su celda, cosa que Ahsoka y Luminara deben impedir.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único sobreviviente.

Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

En la negociación de rescate del conde Dooku, Anakin y Obi-Wan son tomados prisioneros. Los Jedi y los Sith forman una improbable alianza en un intento de escapar, con Jar Jar Binks como su única esperanza.

Anakin está gravemente herido en la batalla, y la general Jedi Aayla Secura debe enseñar a Ahsoka la filosofía Jedi de no tener ataduras personales. Después la general, Ahsoka y unos clones buscan ayuda médica para el caballero Jedi en el hostil planeta donde se estrellaron, donde hay algunos seres indeseados.

Mientras los Jedis combaten contra una nueva arma Anakin, Aayla y Ahsoka logran instalarse en la aldea lurmen. Los separatistas invaden con una nueva arma, sin embargo, los lurmen deciden no pelear, por lo que los Jedi deben cubrir la ciudad con un escudo y proteger a la aldea.

Anakin y Obi-Wan van a investigar la pérdida de comunicaciones con una base y encuentran a todos muertos. No tardan en descubrir que esto fue causado por una tribu que reclama al planeta como su territorio, y otra especie más civilizada que lo reclama como suyo, ahora los Jedi deben resolver este conflicto, por las buenas o por las malas.

Anakin y Obi-Wan descubren pruebas de que hay un traidor entre sus filas al intentar llevar las fuerzas de la República para liberar al planeta de Christophsis de un asedio separatista.

Padmé y Jar Jar son capturados mientras buscaban un laboratorio secreto separatista de armas biológicas. Anakin, Obi-Wan y Ahsoka van a intentar salvar a sus amigos y poner fin a la liberación de un virus mortal.

El virus de la sombra azul es liberado, infectando a Ahsoka, Padmé, el capitán Rex y muchos clones más. Anakin y Obi-Wan tienen sólo 48 horas para encontrar el antídoto en un planeta misterioso.

Ahsoka desobedece las órdenes de Anakin y pierde la mayor parte de su escuadrón. Entonces Anakin le da una lección de respeto a la autoridad, y la oportunidad de redención.

Para sabotear una poderosa arma separatista, Obi-Wan y una pequeña fuerza clon entran en una ciudad ocupada, y descubren que sus residentes se están utilizando como un escudo viviente.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.