Cinco obstinados cadetes clones luchan para completar su formación en el planeta Kamino bajo el esfuerzo de ser hermanos de sangre, tanto por el compromiso por luchar por la República, y son los hermanos en armas del general W.

Cuando la República se entera de un inminente ataque de los separistas en Kamino, Anakin Skywalker y Obi-Wan Kenobi van rápidamente a la defensa del planeta, que contará con la ayuda de la maestra Jedi Shaak Ti, aunque el general Grievous y Asajj Ventress no se lo pondrán nada fácil a los Jedis.

En la segunda batalla de Ryloth, Bail Organa y Jar Jar Binks van a Toydaria, y piden ayuda al rey Kattunko para poder enviar suministros al planeta, que se muere de hambre.

La familia del presidente Papanodia es secuestrada y detenida para el rescate. Ahsoka debe formar su equipo con la senadora de Pantora, Riyo Chuchi, para ayudar al nuevo presidente en la recuperación de su familia antes de que la Federación de Comercio indebidamente pueda influir en el futuro de su planeta.

Padmé, en una misión diplomática a Mandalore, da garantías al pacifista planeta que tiene la protección integral de la República, pero ella y la duquesa Satine pronto encontrarán algo siniestro acechando bajo la serena fachada del planeta.

Ahsoka es asignada a enseñar en una clase en la academia de cadetes de Mandalore. Poco después de que ella llega, el sobrino de la duquesa Satine y sus compañeros de clase descubren un vil complot.

Ahsoka Tano tiene pesadillas premonitorias con la cazarrecompensas Aurra Sing, que está contratada por Ziro el Hutt que quiere matar a la senadora Padmé Amidala.

En un viaje de compras importantes en Coruscant, C-3PO es secuestrado por el siniestro cazarrecompensas Cad Bane en un complot malvado para liberar a Ziro el Hutt.

El consejo de Hutt está en la búsqueda de Ziro el Hutt, pero no son los únicos. Los maestros Jedi Obi-Wan Kenobi y Quinlan Vos también lo buscan.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatista. Padmé viaja a Raxus Prime, la gran capital de la alianza separatista, a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas están negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado.

Tras el atentado en Coruscant por parte de los droides de Grievous, los senadores Padmé Amidala, Bail Organa y Onaconda Farr luchan contra un nuevo proyecto de ley en el senado para comprar nuevos clones de la República. Pero alguien no le gusta su oposición y trata de persuadirlos a salir de ella con la ayuda de dos cazarrecompensas.

Darth Sidious solicita a Dooku eliminar a su propia aprendiz Asajj Ventress, y entonces ella quiere vengarse de Dooku, regresando con las Hermanas de la Noche, un clan de brujas usuarias del Lado Oscuro.

Cuando el conde Dooku llama a las Hermanas de la Noche buscando un reemplazo para Ventress, ella y sus familiares aprovechan la oportunidad para vengarse. Ventress visita el otro lado de Dathomir y los machos del planeta buscan el guerrero más brutal y poderoso entre ellos. A través de su brujería, las Hermanas de la Noche transforman a Savage Opress, el hermano de Darth Maul, en un monstruoso asesino diseñado para obedecer su nuevo maestro.

Anakin y Obi-Wan, que han sido enviados a localizar a la misteriosa asesina detrás de la muerte de varios Jedis, pronto se encuentran en el camino el monstruoso aprendiz que Ventress ha creado: Savage Opress. Sin embargo, Dooku y Asajj también descubren que este nuevo aprendiz tiene voluntad propia…

Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y Ahsoka Tano se sienten atraídos por el misterioso planeta de Mortis. Mientras Anakin se entera de su destino de una familia de poderosos usuarios de la Fuerza (el Padre, el Hijo y la Hija), que se enfrenta a su desafío más difícil todavía. ¿Podrá traer el equilibrio a la Fuerza?

Cuando los Jedis intentan de escapar de Mortis, Ahsoka es capturada como un señuelo para seducir a Anakin Skywalker a unirse al lado oscuro. Mientras Anakin lucha contra el lado oscuro de la Fuerza, el Padre intenta detener un enfrentamiento entre sus hijos, que amenaza con desequilibrar la Fuerza por completo.

Anakin Skywalker debe elegir entre el lado luminoso y el oscuro de la Fuerza, y tiene una visión inquietante de su propio futuro: Darth Vader. Mientras tanto, Obi-Wan y Ahsoka se preparan para una confrontación decisiva en su esfuerzo por desentrañar los misterios del planeta. Podrán alguna vez escapar de Mortis?

Con la ayuda de R2-D2 y un escuadrón de droides de batalla capturados, un equipo de élite de Jedis y soldados clon encabezados por Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker van en una misión para liberar a al maestro Jedi Even Piell de una prisión separatista.

Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant. La prisión, sin embargo, tiene más trampas, peligros y riesgos en el almacén peor de lo que habían imaginado y deben trabajar más allá de sus diferencias para poder escapar.

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Mientras la República se enfrenta a las fuerzas separatistas en el planeta Felucia, la Padawan Ahsoka Tano es secuestrada por un raza llamada Trandoshanos. Ahsoka es llevada a un planeta distante para ser cazada como deporte. Mientras tanto Anakin Skywalker no se dará por vencido e intentará encontrarla.

¡La caza ha comenzado! Ahsoka Tano resguarda a un grupo de jóvenes Padawans atrapados en el planeta Iwasskah, pero recibirá la inesperada ayuda de un legendario Wookiee también capturado. El tiempo se agota mientras los cazadores Trandoshanos se están acercando a su presa.