Los Jedis se encuentran ahora en el planeta Mon Calamari para ayudar a mantener la paz en una guerra civil entre los agresivos y con forma de calamar Quarren y sus pacíficos vecinos, los Mon Calamari. El rey de los Mon Calamari es encontrado misteriosamente asesinado, dejando su joven hijo, el príncipe Lee-Char, para guiar a su gente solo. Pero la raza Quarren no acepta el nuevo gobernante como rey de Mon Calamari. La senadora Padmé Amidala y su guardaespaldas Jedis Anakin Skywalker intentarán resolver el problema.

Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari. Desprevenidos, el joven príncipe y sus protectores Jedi son rápidamente superados y forzados a retirarse en unas cuevas muy por debajo de la ciudad capital, dejando al conde Dooku y sus aliados planear el próximo movimiento.

Un último grito de esperanza. Tras el asesinato de su padre y la caída de su planeta bajo una guerra civil planetaria, el príncipe Lee-Char de Mon Calamari se esconde con la padawan Ahsoka Tano como su única protectora. Con sus ejércitos capturados y sus amigos en prisión, la situación parece sin esperanza para el príncipe. El conde Dooku ordena a su siniestro agente Riff Tamson que utilice los medios necesarios para sacar al príncipe Lee-Char fuera de su escondite, ya que sabe que se mantendrá la esperanza mientras el príncipe esté vivo.

Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso. Uno de estos planetas es Naboo, donde el sufrimiento y los disturbios civiles amenazan las relaciones que antes eran amistosas entre la gente de la superficie y los Gungans que habitan bajo el agua. Los rumores de que los Gungans planean ayudar a los separatistas en hacer un ataque a la ciudad de Theed fuerzan a la senadora Padmé Amidala en ir, acompañada del general y maestro Jedi Anakin Skywalker.

Todo el planeta Mid Rim Aleen está devastado por grandes terremotos catastróficos. Mientras la gente lucha, el futuro de los supervivientes permanece en su habilidad de reavivar su manera de vivir a partir de las ruinas del pasado. Un transporte Jedi, en una misión para bloquear la anexión de los separatistas del sistema Qiilura, es asaltado para proveer un respiro humanitario desesperadamente necesitado por la gente de la superficie de Aleen.

En una misión humanitaria pacífica al planeta Aleen, R2-D2 y C-3PO sin querer se encuentran inmersos en una aventura más allá de su comprensión. Después de resolver la crisis van al crucero de la maestra Adi Gallia, que vuelven a casa para evitar un ataque separatista.

Mientras los separatistas estrechan su dominio sobre unas rutas de suministros vitales pero aisladas, la República hace un "ataque relámpago" en una remota nebulosa fantasma para controlar el sistema estratégico de Umbara. Las fuerzas de la República se abren paso al bloqueo separatista haciendo un gran esfuerzo por reclamar el mundo oscuro de Umbara.

Mientras los separatistas controlan una ruta de suministros vital pero aislada, las fuerzas de la República invaden un planeta clave, el mundo oscuro de Umbara. En medio de la esperanza, Obi-Wan Kenobi conquista la capital, pero Anakin Skywalker es enviado a Coruscant. Su batallón temporalmente es puesto bajo las órdenes del general Pong Krell, un líder Jedi hábil y temperamental. La estrategia temeraria de Krell fuerza al capitán Rex a retirarse en una derrota.

Las fuerzas de la República luchan para conquistar Umbara, un planeta hostil completamente envuelto en la oscuridad. El general Jedi Pong Krell y el capitán Rex lideran un batallón contra ataques constantes de un enemigo brutal. Las estrategias agresivas y temerarias de Krell son precipitadas, que hacen matar a muchísimos clones. A pesar de las tácticas tan peligrosas del general, el escuadrón del capitán Rex captura con éxito una base aérea crítica. Esto incrementa la desconfianza en el liderazgo de Krell, creando una división entre sus hombres.

Mientras luchan para controlar el mundo oscuro de Umbara, el batallón de Anakin Skywalker es puesto temporalmente bajo las órdenes del general Pong Krell. Como las estrategias desastrosas de Krell incrementan las bajas, sus hombres poco a poco empiezan a volverse contra él. El capitán Rex tiene que luchar para sopesar la lealtad entre su comandante y sus hombres. Durante su guardia, Cincos y Jesse desobedecen las órdenes de Krell, llevándolos a un consejo de guerra.

Un planeta muy pacífico. La colonia de artesanos del planeta Kiro había creado una sociedad sin armas. En lugar de la guerra, perseguían el arte y la belleza. Pero con las guerras de clones, incluso los mundos amantes de la paz son forzados aparentemente a elegir un bando.

Durante una invasión separatista en el planeta Kiro, miles de colonos pacíficos son secuestrados por negreros zygerrianos. Determinados a encontrar los colonos desaparecidos, los Jedis viajan al planeta Zygerria, hogar del más notorio imperio esclavo de la galaxia.

Para localizar los colonos secuestrados de un mundo pacífico, los Jedis se infiltraron en el planeta esclavista de Zygerria, sólo para ser capturados por su reina ambiciosa, la que planea reconstruir su imperio de la opresión. Ahora, incluso Obi-Wan Kenobi debe llegar a un acuerdo.

En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.

Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval. Una vez allí, se entera de que otro preso, el famoso cazarrecompensas Cad Bane, también está involucrado. Mientras tanto, Anakin busca venganza por la muerte de su antiguo maestro.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan, para competir en una carrera de obstáculos conocida como "La caja", con la participación en el complot para secuestrar al canciller Palpatine y como recompensa la supervivencia. Después de enfrentarse a muchos desafíos en la caja, Obi-Wan sobrevive, junto con Cad Bane y cuatro cazarrecompensas más. Cad Bane es nombrado por Dooku para dirigir la operación de secuestro contra Palpatine en Naboo.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

El conde Dooku está decidido a vengarse de las Hermanas de la noche de Dathomir después de su traición con Savage Opress. El general Grievous lanza un ataque de droides contra las brujas, y la Madre Talzin convence a Asajj Ventress para reunirse con las Hermanas de la noche después de que las abandonó años atrás. Ventress y la Madre Talzin lideran la defensa de todos los poderes oscuros a su disposición. Después de una pelea con Grievious, Ventress acaba herida en el hombro. Todas las Hermanas de la noche son asesinadas excepto la Madre Talzin y Ventress, quien se aflige por la muerte de sus hermanas.

Asajj Ventress se une a un equipo de cazarrecompensas bajo el liderazgo del joven Boba Fett. En un mundo extraño le pone una misión peligrosa pero rentable que pone a prueba los límites de sus habilidades y la fuerza de carácter de Asajj.

Savage Opress finalmente encuentra a su hermano perdido hace mucho tiempo, y resulta ser el ex Lord Sith llamado Darth Maul. Su cuerpo ahora es un aparato medio cibernético en forma de araña, que ha estado viviendo en un estado de locura en un planeta del Borde Exterior.

Impulsados por el odio puro, Darth Maul y su hermano Savage Opress se disponen a vengarse del Jedi que lo había dejado por muerto en Naboo: Obi-Wan Kenobi. Obi-Wan recibe la ayuda de un aliado poco probable, Asajj Ventress, que quiere parar a Savage de arruinar la Galaxia. En el último momento, Obi-Wan y Ventress escapan de las garras salvajes de Maul y Savage, y los dos hermanos juran venganza.