El Coronel Young y el resto de la tripulación continúan su lucha por retomar el control de la Destiny a la Alianza Lucian. Tras la muerte de su comandante, los captores obligan a los prisioneros a descender a un planeta habitable. Mientras, Rush sabotea los escudos, dejándolos a merced de la mortal radiación que sacude la nave en un osado plan para negociar el control de la nave. T.J. es herida y su bebe corre peligro.

Desesperado por la situación crítica de la comida y la bebida en la nave, Rush dirige la nave a un planeta inestable que se ha quedado fuera de los controles de la Destiny y que tiene el Stargate bloqueado. Mientras, Young y Wray discuten sobre si deben confiar de verdad en los prisioneros de la Alianza Lucian.

La tripulación encuentra una nave implantadora de stargates notablemente similar a la Destiny que puede tener la llave para volver a casa. Cuando Young envía un equipo a explorarla descubren que no son los únicos que están a bordo de la misteriosa nave.

El extraño comportamiento de Chloe hace pensar a la tripulación que podía estar siendo controlada por los alienígenas que la habían secuestrado tiempo atrás. Rush finge estar tratándola para poder obtener información de los alienígenas. Eli volverá a la Tierra para visitar a su enferma madre.

El teniente Scott es infectado por un organismo vegetal cuando se encuentra explorando un planeta, y sufre alucinaciones graves de otra vida en la Tierra de vuelta a casa.

El coronel Young tiene un sueño recurrente de la Destiny siendo atacada y destruida, lo que le hace pensar que está perdiendo el juicio, descuidando el liderazgo de la nave.

Rush y Young quedan atrapados en una nave abandonada, mientras la Destiny permanece varada en el espacio. Rush se niega a desvelar su secreto.

Simeon, de la Alianza Lucian, se escapa de la Destiny, enviando a Nicholas Rush en una vengativa misión. Young y Greer intentan recuperar a Simeon ileso, puesto que tiene información de un inminente ataque a la Tierra por parte de la Alianza.

Los miembros de la tripulación que se quedaron en otra galaxia hacen su regreso a la Destiny de forma sorprendente. Sus extrañas pérdidas de memoria hacen dudar de ellos a la tripulación de la Destiny.

El poseer al fin la tripulación control sobre el sistema de navegación de la Destiny introduce nuevos riesgos cuando se encuentran en medio de una guerra entre dos razas. Cuando el motor FTL de la Destiny queda averiado, Telford llegará al rescate en la nave implantadora dónde quedo atrapado con unos misteriosos alienígenas.

La Destiny es encerrada en una batalla, después de ser aparentemente traicionados por los Ursini. Chloe se hace con un control de comunicación de la nave y provoca la llegada de los extraterrestres de la galaxia anterior, que aún los persiguen. Después de varios problemas, la batalla termina pero la Destiny está muy dañada e intentar saltar a FTL así podría ser mortal.

Eli ha encontrado una forma de volver a casa, pero Rush cree que su plan puede salir catastróficamente mal. Después de que expertos en La Tierra aprueben el plan de Eli, Rush anuncia su intención de quedarse en la nave y pide voluntarios para permanecer con él.

Mientras una senadora de los EE. UU. visita la Destiny, Camile y el sargento Greer quedan atrapados cuando Homeworld Command sufre un ataque alienígena.

El cuerpo de Chloe es tomado por la mente de alguien que la tripulación creía muerto. Mientras tanto, el Dr. Volker cae víctima de una enfermedad que pone en peligro su vida.

Con la ayuda de el Dr.Rodney McKay y Richard Woolsey, Homeworld Command tratará de convencer a sus aliados del planeta Langara, que se sospecha podrían sufrir una infiltración de la Alianza Lucian, para que les dejen usar su planeta para marcar a la Destiny. Mientras tanto, Rush está atrapado en una simulación creada por Amanda Perry.

Un equipo es atacado y sus miembros son capturados por una criatura extraterrestre mientras exploran un planeta.

La Destiny descubre a los supervivientes de una expedición interplanetaria que afirman que su civilización, Novus, fue fundada dos mil años antes por la tripulación de la Destiny. Sin embargo, los drones que atacaron la nave en el pasado les han seguido hasta allí y ponen en peligro a los colonos.

Al devolver a los colonos a su planeta de origen, Novus, la tripulación descubre que éste ha sido abandonado y permanece al borde de la destrucción sísmica. En la superficie, la tripulación conoce las vidas de sus dobles en el pasado y T.J. descubrirá un terrible secreto sobre su futuro.

La Destiny está siendo acosada por los drones, que impiden que la nave recargue energía. Eli idea un osado plan para obtener energía de una estrella Supergigante azul, contando con la ayuda de Rush. Mientras, el Coronel Young y toda la tripulación abandonan la nave y se encuentran en un extraño planeta desconocido en el que creen que estarán a salvo mientras la Destiny sigue el plan de Eli.

Tras ampliar los sensores de la Destiny, la tripulación descubre que todos los stargates de la galaxia están rodeados de naves portadoras de drones. Este hecho imposibilita que la tripulación pueda reabastecerse de energía y alimentos. Cuando su primer plan falla, Eli propone que la tripulación entre en las vainas de éxtasis de la nave para que ésta viaje por toda la galaxia durante tres años y así evadir a los drones.