Los años de tranquilidad tras acabar con el T-1000 y eludir a la justicia no acaban con los temores de Sarah Connor, quien decide huir con su hijo, abandonando así a su prometido Charley. Esto pondrá sobre aviso al FBI y a una nueva amenaza en forma de máquina, aunque los dos fugitivos encontrarán una nueva aliada venida del futuro. Juntos se pondrán en marcha para acabar con Skynet.

Tras el salto temporal Sarah se dispone, junto con Cameron, a utilizar sus contactos para conseguir nuevas identidades con las que pasar desapercibidos. John, aburrido de quedarse en casa empieza, a hacer escapadas para ponerse al día de cómo ha cambiado el mundo en 8 años. Mientras Cromartie, el terminator enviado para matar a John, comienza a recomponerse tras el desmembramiento ocasionado por el salto temporal.

Sarah visita a la viuda de Miles Dyson para encontrar al creador de Skynet y acaba llegando hasta un hombre llamado Andy Goode, el cual trabajó para Miles y ahora está construyendo un ordenador que juega al ajedrez llamado `El Turco´. Mientras, John y Cameron intentan encajar en el nuevo instituto.

Mientras los Connor y Cameron buscan un cargamento robado, John se separa de Sarah y el terminator y se mete en problemas. Mientras tanto, el agente Ellison continua con la investigación y llega hasta un nuevo sospechoso.

Andy participa en una competición de ajedrez donde el premio es un contrato con los militares. Sarah acude para ver el evento y actuar si fuera necesario. Allí conoce a un hombre que está relacionado con ella. Mientras tanto, el agente Ellison encuentra pruebas de una batalla.

Mientras Derek está entra la vida y la muerte y Charlie trata de salvarlo, Derek recuerda lo que ocurrió en el futuro mientras luchaba contra las máquinas en 2027. Mientras, Sarah Connor intenta explicarle a Charlie lo que les ha ocurrido en todo este tiempo.

Sarah entra en la casa del Agente Ellison y descubre un informe sobre ella, que le lleva hasta el Doctor Silberman. Mientras, Cameron quiere ir a clases de baile y John descubre porqué su madre escapó de la institución mental.

Derek encuentra el chip de Vick que Cameron escondió y John crea una interfaz para poder leerlo, a partir de lo cual descubren un sistema importante de Skynet. Sarah decide sabotearlo. Mientras tanto, Cromartie busca John en el instituto.

Sarah se encuentra en una operación de negocios con un extraño hombre mientras Cromartie se acerca a John. El agente Ellison descubre a un némesis dentro de la Agencia.