El inicio de la segunda temporada sitúa al agente Ryan Hardy tratando de volver a la normalidad después que haya pasado un año tras la muerte de Joe Carroll. Pero una serie de asesinatos plantea la duda de si el asesino ha fallecido o su legado sigue vivo.

Ryan Hardy recibe una llamada de Mark y Luke, los otros dos asesinos del metro, que emprenden terrorífico juego de asesinatos. Por otra parte, la nueva identidad de Joe Carroll está en peligro cuando el reverendo local se da cuenta de quien es.

Ryan sigue su búsqueda de la relación entre la reciente tragedia en Nueva York, Emma y la existencia de nuevos miembros de la secta de Havenport. Mientras, el FBI comienza a darse cuenta de sus intenciones ocultas. Un sorprendente acontecimiento llevará a Joe a poner en marcha un nuevo plan de acción.

Tras las últimas y sorprendentes revelaciones en el caso, Ryan y Max tratan de juntar las piezas de un puzle que les permita ir dos pasos por delante del FBI, a pesar de las constantes advertencias de Weston de que se mantengan fuera de su camino. Mientras, Emma se acerca más y más a Mark y Luke, mientras Joe y Mandy se encuentran con un seguidor que necesita ayuda.

Ryan y Max logran capturar a Giselle y tratan de sacarle información acerca de Lily y su grupo, pero la situación no acaba como esperabanya que surgen complicaciones que harán que terminen enredados en un peligroso juego del gato y el ratón. Por otro lado, Joe comienza a acostumbrarse a su nuevo entorno y perfila su propio plan, mientras Emma empieza a darse cuenta de que está rodeada de compañías peligrosas.

Mientras buscan refuerzos para poner en marcha su plan, Ryan y Max contactan con el FBI, pero Weston tiene otra idea al respecto… dando lugar a un conflicto entre el bien y el mal. Mientras, la nueva relación sentimental de Joe escala a territorio inexplorado, y Luke se encuentra en una situación muy problemática.

Ryan y el FBI siguen a la caza de Lily Gray, pero se ven forzados a redirigir sus esfuerzos cuando entra en escena otra gran amenaza. Mientras, Joe, Emma y Mandy llegan a su enésimo escondite, aceptados como miembros de una secta. Pronto se darán cuenta de que las cosas no son lo que parecen.

Tras el trágico giro de los acontecimientos, Ryan trata de encontrar al hombre que instruyó a Joe en su juventud, que le enseñó a matar. Su esperanza es que le pueda arrancar alguna confesión que lo lleve al escondite de Carroll. Mientras, en el campamento de la secta, Joe trata de hacerse un hueco mientras Emma y Mandy esperan a que les cuente su nuevo plan.

Ryan, Max y Mike están cada vez más cerca del espía que se esconde en el FBI, pero el sospechoso resulta ser alguien que no esperaban. Mientras tanto, Joe y Micah envían a Emma y a dos seguidores de la secta para entregar un mensaje que implica a Carrie Cooke.

Joe enseña a los miembros de Korban una nueva religión, mientras que envía a cuatro asesinos a Nueva York. Por otra parte, Claire exige volver a la ciudad para ayudar en la búsqueda de su marido y Ryan trata de contactar con Joe a través del doctor Strauss.

Al parecer, Joe Carroll organiza una masacre en una panadería, pero Ryan Hardy descubre un detalle que le hará dudar de la autoría de los hechos. Por otra parte, Emma se ve obligada a reforzar la creencia de Robert en Joe, mientras que Claire exige ver a Ryan.

Los fieles seguidores de Joe Carroll entregan un nuevo mensaje a Carrie Cooke. A través de esa nueva pista Ryan deduce cuál será el próximo ataque del asesino en serie. Por otro lado, Mandy pide ayuda al clan de Lily.

Cuando Ryan no consigue matar a Joe, se deja capturar para averiguar cuál es el plan maestro de su némesis mientras sus huestes están a punto de salir para iniciar la matanza. Mientras tanto, Mike y Max consigue localizar a Lily, y Mike se ve obligado a tomar una decisión de vida o muerte.

Mientras que Claire le tiende una trampa a Joe con el mensaje por televisión, ella no es consciente de que Joe ha enviado a Robert y Emma para tenderle una trampa a su ex esposa. Mientras tanto, Ryan y Mike siguen la pista de Joe hasta una catedral de Nueva York y descubren lo que ha planeado.

Ryan tiene que ayudar a Joe a escapar de una redada del FBI para que su mortal enemigo pueda ayudarle a salvar a Claire, la mujer que ambos aman, de Lucas y Mark.