Veronica ha llegado a la universidad, lo que no hace que deje de investigar casos de sus compañeros de estudios. Esta vez, el compañero de habitación de Wallace, Piz, pide ayuda a veronica mars porque le han robado todas sus cosas. Mientras, una ola de violaciones se extiende entre las chicas de la residencia.

Verónica quiere entrar cómo fotógrafa en el periódico de la facultad. Para ello, la someten a una prueba: debe investigar a la hermandad Zeta Theta y tratar de descubrir el secreto que guardan. Verónica sospecha que pueden ser las culpables de las violaciones.

Un jugador de fútbol de la universidad pide ayuda a Verónica para recuperar su libro de jugadas, que puede costarle su beca. Además, el decano de Hearst amenaza a Verónica con expulsarla si no le revela el nombre del profesor que dio las semillas de marihuana a la jefa de las Zeta Theta.

Logan está preocupado porque no le salen las cuentas del dinero de su familia y pide a Verónica que le ayude a seguir los fondos. Los que también piden ayuda a Veronica son los chicos de la Pi Sigma a quien han acusado de ser culpables de las violaciones. Por su parte, Keith tendrá un asunto de un marido infiel.

En la noche de Halloween, Veronica acude al casino clandestino del campus, donde dos enmascarados roban a los presentes, quitandole a Verónica un collar que Lilly le habia regalado. Mientras, Wallace tiene algunas dificultades en aprobar Ingeniería Mecánica y recurre a medidas extremas. Por su parte, Keith trata de ayudar al decano de la universidad y su mujer, que buscan al padre biológico de su hijo ya que éste ultimo esta muy enfermo. Es Halloween en Hearst y mientras Veronica va a buscar a Logan al casino clandestino del campus, roban en el lugar y se llevan el collar de Veronica, que le regaló Lilly en su día. El Decano ODell y su mujer Mindy piden ayuda a Keith para localizar a Steve, el padre biológico del hijo de Mindy, que está muy enfermo. Wallace, distraído con su nuevo grupo de amigos, se encuentra con dificultades para aprobar su examen de Ingeniería Mecánica.

Verónica sigue detras del responsable de las violaciones, pero alguien la acusa de plagiar su sobresaliente trabajo de criminología, lo que la aparta del caso principal. Por su parte, Keith vuelve a hablar con Harmony lo que tendrá consecuencias inesperadas. Wallace tendrá que aplicarse en ingeniería mecánica pero se hará incompatible con otras actividades mas lucrativas.

La novia del vecino de Wallace y Piz llega a la residencia, pero Sully ha desaparecido. Una Verónica escéptica le ayudará en la búsqueda. Por su parte, Keith tiene problemas morales en su relación con Harmony. Verónica desconfía de todo y de todos, dudando y quedando decepcionada por todas las personas que más quiere. Pero recibirá una lección, resultado de una experiencia no muy grata.

Debido a las frecuentes violaciones, las estudiantes de Hearst exigen que las hermandades sean eliminadas para evitar más acosos, para votar si esto ha de ser así, convocan a una miembro honorario, Patty Hearst, quien desaparecerá. A la vez que Veronica, con ayuda de Keith, investiga el paradero de la señora Hearts, resolverá el misterio que se escondía detrás de las violaciones y se revelará el culpable. La relación entre Verónica y Logan sufre algún que otro contratiempo.

Después de que el violador del campus anuncie anónimamente el lugar de su próxima violación, Verónica decide contratar a sus amigos para seguirle la pista. Se sorprenderá al conocer quien es el culpable. Mientras, Logan toma una decisión drástica a cerca de su futuro con Verónica, y el decano O`Dell contrata a Keith para probar que su mujer le es infiel.

Mientras Keith investiga sobre la muerte del decano ODell para decidir si el caso merece la pena, Verónica trata de ayudar a unos estudiantes en prácticas a los que han robado. Estos estudiantes estaban realizando estudios científicos usando como cobayas ratas y un mono, pero alguien entra en su laboratorio y se lleva a todos los animales, que Verónica tratará de encontrar, con ayuda de Mac. Además, entre la búsqueda se permiten alguna que otra fiesta donde tratan de ligar con algunos chicos. Lo mismo harán Dick y Logan con algunas chicas.

Max, un compañero de Verónica, conoció a una chica en un salón del cómic y desde entonces ha estado enamorado de ella. Ahora se ha enterado de que se va a casar, cansada de esperarle, y necesita la ayuda de Verónica para encontrarla. Pero esta chica tiene muchos secretos y guarda muchas sorpresas que ni Verónica veía venir. Por su parte, Keirh sigue en su investigación sobre la muerte del decano, y consigue algún que otro avance. La relación de Verónica y Logan sigue bien, pero alguien se va a interponer entre los dos.

A Veronica la contrata Bonnie, una promiscua compañera de clase, quien quiere saber quien le puso en su comida la píldora del día después, provocándole un aborto. La investigación la lleva a la oficina del novio de Bonnie, Tim Foyle, donde busca pistas sobre el caso, y descubrirá más de lo que esperaba encontrar. Veronica se enfrenta, además, a Logan para pedirle explicaciones sobre su noche con Madison Sinclair en el periodo en el que habían roto.

Keith tene que encargarse de otro caso de asesinato cuando el entrenador del equipo de baloncesto de la universidad de Hearst aparece muerto y su hijo, amigo de verónica y Wallace, resulta ser el principal sospechoso. Mientras Verónica ayuda a su padre en el caso del entrenador, Logan tiene que vérselas con la hermana pequeña de la nueva novia de Dick, y decubre que tener a alguien con quien hablar es mucho mejor que quedarse en la cama sin moverse.

Cuando Verónica sale de la carcel, se encuentra con Josh Barry, que está desesperado por probar su inocencia en el caso del asesinato de su padre. Es por ésto que Verónica decide ayudarle y tratar así de descubrir el culpable. Mientras, y aún en el caso del entrenador, Keith tendrá que verselas con algo que no esperaba desde hace mucho tiempo. Logan, Parker, Mac y el nuevo novio de ésta participan en una jincana del día de San Valentín.

Cuando Veronica descubre a Timothy Foyle irrumpiendo en Investigaciones Mars, ella usa su ayuda para localizar al asesino real de Dean O'Dell. Mientrastanto, la relación de Logan y Parker hace un vuelco inesperado y el Sheriff Mars lleva otro asesino a la justicia.

Con Keith actuando de sheriff, Veronica acude sola a un incidente en un restaurante cuyos dueños reciben muchos crímenes de odio. Mientrastanto, Keith esta enfadado por la falta de profesionalidad de sus subordinados cuando les ordena que multen a los bares que sirven alcohol a los menores de edad. Logan organiza una fieta de cumpleaños a Parker, y Piz se decide a afrontar sus sentimientos por Veronica.

Desmond Fellows, un cantante / músico de una banda pop de los años 90, llega al campus de Hearst para presentarse en un concierto benéfico para evitar que la estación salga del negocio. Piz obtiene el trabajo de sus sueños cuando se le encarga de alojar a Fellows en el campus y en el aire. Sin embargo, sus sueños comienzan a disolverse a medida que las cosas no salen como él imaginó, en más de una forma. Keith está entusiasmado con la próxima carrera del Sheriff sin oposición hasta que, sin saberlo, ayuda a promover a un candidato improbable que lanza su sombrero al ring.

Apolo, un estudiante de Hearst que sufrió como niño soldado en África, acude al programa de radio de Piz, lo que llevó a un hombre acudir al programa alegando ser su padre. Pero la investigación de Verónica descubre algunas sorpresas. Mientras tanto, Neptuno se enfrenta a una ola de crímenes que podrían significar un problema para la campaña de Keith, y Logan se encuentra en una situación difícil cuando Parker quiere pasar el verano con él. Verónica espera los resultados de su examen del FBI.

Weevil pregunta a Veronica para que limpie su nombre después de que lo capturaran vendiendo tarjetas falsas de débito a los estudiantes de Hearst, alegando que está siendo acusado por su pasado criminal.

Llega el final del primer semestre en el Colégio Hearst, y la elección de Sheriff en Neptune conluye, mientras Veronica y Piz discuten sobre los efectos de pasar un verano apartados en su relación.