Alex, como sus mejores amigos, Marty, Melman y Gloria, ha pasado toda su vida en feliz e ignorante captividad, bien alimentado y en una jaula con excelentes vistas al parque. No contento con su vida, Marty se deja llevar por la curiosidad y escapa del zoo para conocer mundo, con la intención de volver antes de que se haga de día. Alex, Melman y Gloria descubren su fuga y deciden salir en su busca antes de que alguien se de cuenta de su desaparición. Cuando consiguen encontrarlo los capturan y los embarcan con rumbo a África. Los cuatro aparecen en la exótica isla de Madagascar. Estos nativos de Nueva York deben aprender a sobrevivir en estado silvestre.