Malcolm (Frankie Muniz), un niño de una bastante peculiar familia de clase media tirando a baja, descubre que tiene un I.Q. de 165 después de que una maestra lo somete a una prueba, por lo cual, es transferido a una clase de superdotados contra su voluntad y debe hacer frente a su deseo de ser normal a pesar de haber sido reconocido como un genio.

Lois (Jane Kaczmarek) debía encontrarse con su esposo Hal (Salomón Castillo) en un restaurante para celebrar su aniversario, pero Lois se olvida de ir tras haber encontrado su vestido rojo quemado en el inodoro. Inmediatamente sospecha de sus hijos Reese (Justin Berfield), Dewey (Pablo Rivera), y Malcolm, pero no está segura de cual de los tres lo hizo, por lo cual decide pasar toda la noche tratando de hacer que alguno confesara. Malcolm ( Mauricio Nava) pide asesoría por teléfono a su hermano mayor Francis (quien se encuentra en un burdel) sosteniendo su inocencia y la de sus hermanos. Mientras tanto, Hal ( Salomón Castillo) hace una gran amistad con un mesero del restaurante por esperar a Lois.

Mientras que Hal y Lois se van por el fin de semana a una boda, Francis (Christopher Kennedy Masterson) llega de la escuela militar para cuidar a Malcolm, Reese y Dewey. Antes de que salieran, Malcolm escucha una conversación de sus padres en la que dicen que como ya han pasado varios meses desde que mandaron a Francis a la militarizada, que tal vez ya era hora de que regresara a casa con su familia, pero todo dependía de su comportamiento ese fin de semana. Malcolm intentará por todos los medios que su hermano mayor no se meta en problemas, para que lo quieran sacar de la escuela militarizada.

Malcolm golpea a un niño molestoso, gordo y grande; sin saber que tenía solo 7 años de edad. Cuando el "papá" del niño va a arreglar las cosas con Hal, se pelean y resulta que es su hermano de sólo 15 años. Hal tira un árbol en su patio, y los vecinos se ponen furiosos por ello.

Después de que toda familia tiene que vivir en un remolque en su patio porque su casa está siendo fumigada, Malcolm se convierte en una niñera para una familia rica que le complace en sus gustos y deseos, sólo para descubrir que todo lo que hacía mientras cuidaba la casa, incluso ir al baño, estaba siendo filmado con cámaras escondidas.

Malcolm y Stevie hacen una pijamada de la noche a la mañana en su casa y tiene que sufrir la excesiva vigilancia y control de los padres, hasta que se escapan a jugar videojuegos. En la sala de juegos roban la silla de Stevie, por lo que deberán ingeniarse para retornar a la casa del mismo.

Francis escapa de la militarizada para poder ver a su novia Bibi, carente de cualidades para ser amada. Accidentalmente, Malcolm se lo dice a su mamá.

Malcolm lleva a su familia a un día de campo con los superdotados de su escuela y su maestra, allí debe demostrar a los asistentes sus capacidades, algo que intentará por todos los medios evitar para no ser considerado "raro".

Lois es despedida después de que Dewey robara una botella de cognac de $ 150 de la tienda. Francis es guardia de honor en un concurso de belleza.

Hal lleva a los niños a ver carreras de coches en un día de escuela. Aunque Lois busca su cheque de pago, ella limpia la casa y encuentra suficientes pruebas para tener a los muchachos castigados de por vida. Francis extravía una serpiente en la academia que asesina al perro del Comandante Spangler.

Malcolm trata de evitar ir al funeral de la tía Helen, para poder asistir a un concierto con Julie Houlerman, por lo que se le ocurre varios intentos para logra su objetivo. Sin embargo, lo consigue haciendo que toda la familia no vaya al funeral y hagan cualquier cosa de ocio. Debido al desinterés de toda la familia, Malcolm queda en ridículo frente a su amiga. La familia va al funeral, después de que Malcolm confiesa que Reese intentaba dejar en el ataúd de su tía un muñeco roto, que se supone que iba ser un regalo para Dewey.

Reese se une a la escuadra de porristas para llamar la atención de una chica.

Malcolm quiere aprender a andar en patines y le pide a Hal que sea su instructor, pero él tiene sus propios métodos para enseñarle a Malcolm como se debe patinar. Malcolm acepta, pero tras algunas lecciones empieza a cuestionar sus métodos debido a que son muy extraños, y lo insulta. Hal lo obliga a leer una lista larga de palabrotas, y acepta terminar el curso. Al final, recibe los patines reales y se da cuenta de que los poco ortodoxos métodos de su padre son muy efectivos.

Lois va a la escuela militar para cuidar a Francis, mientras Hal quien sufre de su ausencia empiece a ayudarle a los Kreelboys a hacer un robot pero todo se sale de control cuando Hal se adueña totalmente del proyecto para sus propias intenciones.

Los chicos están felices porque es lunes y termina su largo castigo, pero se quedan en su casa en un día de escuela, cuando Lois tiene Infuenza pensando que es domingo. Reciben una carta de Francis de parte de la academia diciendo que cometió una locura y les pide esconder la carta. No obstante, cuando los chicos descubren que Francis le había delatado a su mamá, deciden amenazarlo con darle a carta a mamá. Francis, que está muy paranóico envía a Ritchie y a sus amigos a recuperar dicha carta, esto es porque Malcolm, Reese y Dewey quieren vengarse de él porque los acusó con Lois después de haber perdido la bicicleta de Dewey en una apuesta.

La familia va a un parque acuático. Mientras, Dewey está en la casa cuidado por una niñera y a ella la trasladan a urgencias, Dewey comienza a perseguir un globo que lo lleva por muchos caminos, incluso hasta llegar con los inmigrantes.