Conoce la Ciudad Oculta del Follaje, donde ninjas mortales acechan la tierra y el malvado Naruto Uzumaki causa problemas por todas partes.

Konohamaru, el nieto del Tercer Hokage, expresa su deseo de ser reconocido con independencia de su abuelo, pues todos lo reconocen simplemente como el honorable nieto y decide hacerse seguidor de Naruto y su forma de actuar. Konohamaru llama a Naruto «jefe», a lo cual este le enseña el jutsu sexy. Además, él y Naruto comparten el deseo de ser Hokage.

Sakura, Naruto y Sasuke pasan a formar el Equipo 7,5 y Naruto intenta que Sakura deje de admirar a Sasuke para poder estar con ella.

Naruto y sus compañeros descubren la "simple" prueba que deben realizar para convertirse finalmente en ninjas. Tan solo deben arrebatar uno de los dos cascabeles que Kakashi Hatake (su nueve maestro) lleva atados a su cintura, pero se dan cuenta que será más difícil de lo que esperaban. Además, uno tendría que volver a la academia, pues los cascabeles solo son dos.

Al fin la solución, Naruto y sus compañeros gracias a su trabajo en equipo finalmente logran convertirse en ninjas pero deberán romper las órdenes de Kakashi, pues esto era lo que él quería dar a conocer (una lección que le enseñó el Cuarto Hokage): En el Mundo Shinobi los que desobedecen las reglas son escoria pero los que abandonan a los amigos son peor que la escoria.

Naruto cansado de realizar misiones de rango D pide que se le asigne una misión mayor, por lo que se le asigna la misión de proteger al constructor de puentes, Tazuna, hasta su villa (rango C), pero en el camino son atacados por dos ninjas de Aldea Oculta de la Niebla, en este capítulo Sasuke demuestra su valentía al derrotar a los dos Ch?nin de la Niebla, sin embargo Naruto es herido ligeramente pero su herida está envenenada y es entonces cuando Naruto hace un Juramento de Sangre al clavarse un kunai en la herida drenando la sangre envenenada.

De camino a su misión en la Tierra de las Olas descubren a su primer gran enemigo Zabuza Momochi, aquí se inicia la gran batalla entre Kakashi y Zabuza.

Kakashi es atrapado por Zabuza en una prisión de agua, por lo que pide a Naruto y los demás que escapen con Tazuna. Pero Naruto y Sasuke realizan un gran plan para poder liberar a Kakashi del jutsu de Zabuza con un shuriken de viento endemoniado.

Aquí se verán las grandes cualidades de Kakashi y se verá por primera vez su Sharingan en acción. Este logra derrotar a Zabuza y al momento del golpe final, un ANBU (un cazador ninja) rescata a Zabuza.

Tras un pequeño descanso Kakashi decide continuar el entrenamiento, por lo que pide a sus alumnos que escalen a unos árboles sin usar las manos, para lo que deberán aprender a enfocar su chakra en sus pies. Sasuke y Naruto tienen problemas en escalarlos pero Sakura lo logra sin ninguna dificultad.

Mientras que permanecen en la tierra de las olas como parte de su misión, el equipo 7 aprende la historia de un héroe local y sus proezas y como fue asesinado por Gatoh y sus secuaces .

Comienza la gran batalla entre los ninja de la niebla Zabuza contra Kakashi y Haku contra Sasuke quien demuestra los resultados de su entrenamiento.

Haku no quiere acabar con la vida de Sasuke pero al ver que este le está ganando y ante la presión de Zabuza decide usar su técnica secreta Elemento Hielo: El espejo cristal de Hielo, que proviene de un rasgo sanguíneo (Kekkei Genkai)

Tras un corto intento de Sasuke de tratar de evadir la técnica de Haku, Naruto entra en escena.

Durante la pelea anterior Haku examinó el Sharingan de Kakashi, por lo que Zabuza usa una técnica: el arte ninja jutsu de esconderse en la neblina, lo cual hace que Kakashi no pueda ver a Zabuza y así copiar sus Jutsus con el Sharingan al 100%.

En este episodios Sasuke Uchija despierta su Sharingan, luegoSasuke intenta salvar a Naruto de las agujas lanzadas por Haku y cae malherido, cuando lo salva comienza a recordar todo lo que compartieron, incluyendo el beso accidental y diciéndole que su hermano está allá afuera, Naruto piensa que Sasuke ha muerto y esto lo enfurece al punto de despertar el poder del Kyubi y lanzarse al ataque contra Haku En un intento frenético de vengar la caída de su compañero. Esto asusta mucho a Kakashi, quien cree que el sello que mantiene al Kyubi dentro de Naruto, se rompió.

Naruto golpea a Haku tras la caída de Sasuke rompiendo los espejos y lograr golpear a Haku rompiéndole la máscara. Naruto se da de cuenta que e Haku es el muchacho que se encontró en el bosque. Haku revela sus motivaciones verdaderas para defender a Zabuza a Naruto mientras que Kakashi invoca a sus perros de caza ninja con el jutsu de Persecusión de Colmillos con lo cual puede atrapar a Zabuza e inmovilizarlo.

Kakashi decide utilizar su técnica más poderosa, el Chidori, para acabar con Zabuza quien está atrapado, Haku le pide a Naruto que acabe con su vida ya que es un arma que ha sido quebrada, en el último momento Haku deesiste de la idea de que Naruto la matara e interviene para salvar a Zabuza recibiendo el Chidori de Kakashi y sacrificando su vida.

Inari convence a Los aldeanos de la villa a que se alzen contra Gatoh, que ha llegado con varios de sus hombres, mientras Zabuza sigue luchando pero kakashi le inutiliza los dos brazos, Zabuza se lanza contra Gatoh y sus hombres acabando con varios y por último con Gatoh, malherido recuerda a Haku y se lamenta de nunca haberle dado las gracias, muere junto a Haku. Aunque los hombres de Gatoh que quedaron vivos deciden atacar a los habitantes de la Tierra de las Olas, pero son intimidados cuando Naruto y Kakashi utilizan una gran cantidad de Clones de Sombras. Tazuna termina de construir el puente.

El equipo 7 regresa a la aldea. Se anuncian los exámenes de acceso a grado medio (Ch?nin) y todos los Genin de Konoha y otras aldeas llegan para participar en los exámenes. Iruka pone una prueba a Naruto, Sakura y Sasuke paa ver si son capaces de participar en los exámenes Chunin, disfrazándose de un ninja de la lluvia, aunque todos logran pasarla.

Naruto, Sasuke y Sakura están entre los elegidos para dar el examen de calificación Chunin (rango ninja intermedio).

Mientras Naruto, Sasuke y Sakura se preparan para el exxamen, un ninja de pelo corto y cejas gruesas llamado Rock Lee aparece y reta a Sasuke a duelo.

Naruto, Sasuke y Sakura se anotan para el examen Chunin, que tiene a tres ninjas en un equipo. Para aprobarlo ningún miembro puede fracasar.

Los examinadores proponen a los alumnos que se presentan un examen extremadamente difícil, en el cual si un miembro de uno de los grupos suspende también lo harán los demás y si un miembro es sorprendido copiando será descalificado junto con sus compañeros y nunca podrán presentar nuevamente el examen.

Naruto no logra contestar ninguna pregunta, por lo que espera a que les digan la décima, pero si aceptan contestarla y no la contestan bien, suspenderán para siempre. A pesar de todo esto, 78 alumnos, incluido Naruto, deciden aceptarla, por lo que aprueban el examen. El examen consistía en hacer trampa por obligación ya que las preguntas eran avanzadas para un Gennin. Aparece Anko quien los lleva a la segunda parte del examen.

Un Episodio especial que recapitula los 25 episodios anteriores y fija la etapa para el segundo examen de Ch?nin. Además se habla algo de cada personaje del equipo nº7 de la aldea de la hoja.

Cada grupo de los restantes recibe un pergamino de entre dos modelos posibles el del cielo y la tierra y debe llegar al centro del bosque de la muerte en menos de cinco días con un pergamino de cada clase. Naruto cae en una emboscada, y es reemplazado por un ninja de la lluvia, pero Sasuke lo descubre a tiempo y lo derrota.

Luego del intento del ninja de la lluvia, Sasuke dice que se necesita una contraseña, pero les dice una contraseña demasiada larga y Naruto se la olvida. Después Orochimaru (un ninja renegado de Konoha) aparece disfrazado de un Genin de hierba. Luego de un impacto con una serpiente, se pierde el rastro de los demás. Para asegurarse Sasuke le pide la contraseña a Naruto, él la responde correctamente. En ese momento Sasuke le dice que se muestre, ya que Naruto nunca de acordaría de la contraseña, al ver que lo descubrieron, Orochimaru se revela. Mientras tanto, Naruto se despierta después de haber sido atacado por una serpiente gigante que se lo traga. Mientras tanto, Sasuke y Sakura son paralizados por Orochimaru, con el miedo de sus propias muertes. Él lanza un kunai, pero Sasuke vence al miedo con el dolor, y se escapa con Sakura. Naruto está dentro en la serpiente y tiene un recuerdo de la rivalidad de él y Sasuke y piensa que no puede dejar así las cosas con Sasuke, utiliza el Jutsu Clones de Sombras para hacerla explotar. Sasuke y Sakura se esconden de una serpiente que los ataca, Sasuke lanza un shuriken, en ese momento Orochimaru aparece dentro de la serpiente. Luego, Naruto entra en la batalla.

Un ataque golpea a Naruto y luego el mismo ninja que lo suplantó anteriormente aparece. Este va hacia Sasuke, que está paralizado. Al saber que ya no le quedan fuerzas, Sasuke decide entregarle el pergamino para asegurar la supervivencia de su equipo. En ese momento Naruto golpea a Sasuke, diciendo que el cobarde que esta frente de él no es el verdadero Sasuke. Y empieza a luchar con el Ninja, con ayuda del chakra del Zorro de las Nueve Colas. Naruto salva a Sasuke y con mucho orgullo le dice "¿No estás herido verdad, miedosito?". El Ninja reconoce el chakra y utiliza un sello de cinco puntos para sellarlo, interrumpiendo el flujo de su chakra, para que Naruto no pueda usar el chakra del Zorro. Naruto queda inconsciente. Entonces Sakura le recrimina a Sasuke su actitud y este reacciona y se prepara para pelear.

Sasuke finalmente reacciona gracias a las palabras de Sakura y el remordimiento hacia su hermano, y está decidido a pelear, activa su Sharingan. El ninja quiere probar las habilidades de Sasuke, que lanza numerosas armas, recapacitando el deseo de venganza a Itachi. El ninja lo esquiva, pero aun así lanza un shuriken y un kunai atadas con hilos y logra atraparla, quedando un blanco perfecto y lanza su Jutsu Flama de Dragón. El ninja sobrevive y se revela como Orochimaru, un ninja de la Aldea del Sonido y mientras dice esto quema el pergamino del equipo 7. Alarga su cuello llegando al de Sasuke mordiéndolo creando un Sello Maldito. Orochimaru se retira, explicando que Sasuke buscará su poder, y que mandará a tres de sus seguidores. Con Sasuke y Naruto inconscientes, Sakura queda a cargo del equipo. Mientras tanto Anko se encuentra con Orochimaru, su ex sensei, Orochimaru alarga su lengua, Anko la atrapa y usa su Manos de Serpientes Sombra Ocultas, golpeándolo sobre un árbol, saca uno de sus kunai, grabándolo en una sus manos y la de Orochimaru queriendo sacrificarse con el Jutsu de Sacrificio de Serpientes Gemelas. Sin embargo, Orochimaru se escapa con el Jutsu de Clones de Lodo. Anko revela su Sello Maldito y Orochimaru le dice que le puso uno a Sasuke Uchiha. El equipo de Guy, se dispersa para revisar el perímetro.

El equipo de Guy se dispersa para conocer el perímetro, mientras que Sakura se queda a cargo del equipo debido a que Sasuke y Naruto se quedan inconscientes después de la batalla contra Orochimaru. Ella se duerme, soñando un nuevo ataque por parte de Orochimaru. Al despertar con el ruido de una ardilla, Sakura lanza un kunai, desviándola. Los ninjas del sonido (Dosu, Zaku y Kin) se preguntaban si había visto la etiqueta explosiva que pusieron sobre la ardilla y se preparan para atacar revelando que su objetivo es matar a Sasuke. Mientras tanto, Rock Lee se desafía a sí mismo recoger veinte hojas antes de que se caigan al suelo, para comprobar los sentimientos de Sakura. Cuando atrapa la hoja número diecinueve, se distrae con una ardilla con una etiqueta explosiva sobre su espalda. Se la quita, viendo caer la última hoja en el suelo. Mientras que Neji se encuentra con el equipo Asuma, dejándolos escapar diciéndoles que no vale la pena robar el pergamino de ellos, ya que son muy inferiores a él. Los tres ninjas del sonido se revelan ante Sakura. Dosu se da cuenta de la trampa que se encontraba sobre el suelo, y luego se dio cuenta de que ese era el motivo de desviar a la ardilla. Sakura tenía otra trampa, pero fue esquivada por los tres. Dosu le dice que no tiene ningún derecho a llamarse ninja, porque no tiene ningún talento. A punto de atacar a Sakura, Rock Lee aparece. Ella le pide explicaciones, y él se atiene a la promesa de que siempre le brindará su protección. Dosu le entrega el pergamino a Zaku y empieza a atacar a Lee, pero él contrarresta con el tronco de un árbol. Lee piensa que debería usar su Loto Frontal. Mientras tanto, Neji y Tenten se reúnen en el lugar indicado, pero al ver que Rock Lee no se encontraba salieron a buscarlo. Lee recuerda como aprendió el Loto Inicial de Guy. Su sensei le dio la advertencia de que es una técnica prohibida, ya que los humanos utilizamos el 20% de músculos y el Loto Inicial activaba el 100%, y que solo lo debía usar para proteger a una persona querida. Lee desenvuelve sus vendas y ataca a Dosu, en posición de boca a bajo. Dosu es salvado por su compañero Zaku, quien hace un corriente de aire para hacer más liviano el suelo. Dosu descubre su manga, exponiendo su arma. En ese momento, Lee cae al suelo.

Rock Lee es derrotado por Dosu a pesar de utilizar el loto primario. Sakura debe luchar contra los Genin del sonido para proteger a Naruto y a Sasuke.

El equipo 10 logra el valor necesario para ayudar a Sakura en la lucha y después llegan Neji y Tenten. Sasuke despierta y muestra el poder del sello maldito, venciendo a Zaku rompiéndole los dos brazos. Al ver esto, Dosu le entrega su pergamino y lleva a sus compañeros inconscientes.

Los otros equipos de Genin continúan su búsqueda de los pergaminos. El equipo 8 encuentra los dos pergaminos así que se dirigen a la torre pero Akamaru siente algo muy malo así que van a investigar cuando llegan es el equipo de Gaara quienes se encontraron con unos ninjas de la lluvia. Este los asesina y así los del área obtienen el pergamino que les faltaba.

En la necesidad de un segundo pergamino, un Naruto recién despierto, se prepara para seguir su camino, pero primero se interesa en que hay dentro del pergamino. Justo antes de abrirlo, llega Kabuto y le advierte que los que lean el pergamino caerán inconscientes hasta el final de los exámenes. Entonces todos se dirigen a la torre en el bosque, pero pronto se dan cuenta de que cayeron en un genjutsu, ya que están caminando en círculos. De pronto, aparece un gran número de clones que los atacan.

Decenas de clones de lodo de los ninjas de la lluvia aparecen ante el equipo 7 y Kabuto. Naruto golpea a uno de los clones, éste se regenera con el lodo, formando otro que sostiene un kunai doble. Sasuke activa su Sharingan y lanza varios shurikens, que atraviesan al clon, la réplica lanza su kunai hacia Sasuke, que debido al sello maldito, no puede moverse, pero es salvado por Kabuto, que se hiere con el kunai, en ese momento se dan cuenta de que son ilusiones y los kunai son lanzados de los reales. Kabuto explica que estas técnicas de pelea las hace un oponente débil con el propósito de hacerlos cansar para debilitar al enemigo y recién poder atacar. Mientras tanto, los ninjas reales se esconden en los arbustos. Naruto para contrarrestar realiza su Jutsu Clones de Sombra y empieza a atacar con la ayuda de los demás. Amanece, todos están cansados, es allí cuando aparecen los ninjas reales, y los clones desparecen. A punto de atacar a Sasuke, el plan de Naruto se revela; él sustituyó a todos los demás con sus propios clones. Naruto los golpea a los tres. La sorprendente resistencia de él, sorprende a todos. Los enemigos realizan de nuevo el Jutsu de Clones. Naruto y Kabuto salen a pelear. Sasuke no logra moverse. Kabuto es herido, ocurre algo misterioso sobre él y es salvado por Naruto, los clones desaparecen, derrotándolos. Naruto consigue sacarles el pergamino del Cielo. Sasuke sabe que Kabuto es la persona que dice ser. Finalmente llegan a la torre con los dos pergaminos, Kabuto se encuentra con su equipo, y ambos entran a la torre. Allí se revela la traición por parte de Kabuto, quien le entrega cartas de información ninja a Orochimaru sobre el equipo 7. Mientras que Naruto y los demás, se encuentran con un cuadro que al leerlo se disponen a abrir los pergaminos.

Los equipos llegan a la torre y el Hokage les da una charla. A pesar de conseguir el segundo pergamino, un examen preliminar al tercer examen de Ch?nin se debe llevar a cabo para decidir quiénes son los diez mejores.

Kabuto se revela secretamente para ser un traidor a Konoha y entregar información de los equipos a Orochimaru. Sasuke comienza su lucha contra Yoroi Akado.

Sasuke continúa su lucha contra Yoroi quien le absorbe casi todo su chakra pero a pesar de su sello maldito y casi sin energía logra ganar el encuentro con su nueva técnica copiada gran parte de Lee, llamada Rafaga de Leones.

Kakashi realiza un método de sellado para ayudar a Sasuke pero Orochimaru aparece y se forma una charla, mientras que la lucha entre Zaku y Shino comienza. Shino resulta vencedor.

Misumi Tsurugi lucha contra Kankur? el cual sale vencedor mientras que Sakura e Ino finalmente deben enfrentarse.

La batalla entre Sakura e Ino se intensifica, mientras que la amistad, recuerdos y las dificultades entre las dos se revelan. Finalmente termina en un empate.

El tercer examen preliminar continúa con las batallas de Temari contra Tenten en la cual Temari gana. El combate entre Shikamaru contra Kin Tsuchi comienza. Shikamaru demuestra con su gran inteligencia ser muy fuerte sorprendiendo a Kin y al final resulta ser el vencedor del encuentro.

Naruto finalmente consigue su ocasión de luchar, le toca contra Kiba y Akamaru, del equipo 8.

Tras la larga lucha Naruto realiza su nueva técnica, la cual copió de una de las de Sasuke pero cambiándole el nombre por el de Uzumaki Rafaga.

La pelea entre Neji y Hinata para defender el honor de sí mismos y de sus familias comienza.

Hinata decide probar su valor contra Neji mientras que la batalla entre los dos se acaba Neji gana el combate y Hinata queda mal herida por la técnica puño suave de Neji.

La pelea entre Lee y Gaara comienza. Rock Lee le demuestra a su sensei lo bueno que puede ser con su taijutsu, mientras que Gaara se protege de sus golpes y patadas con su Arena Impenetrable.

Lee desvela su gran técnica física del Loto Primario por segunda vez, mientras Gaara al ser golpeado decide dejar de jugar y ponerse serio en la batalla.

Rock Lee revela su mejor técnica abriendo la cuarta puerta con el cual ataca con una gran poder a Gaara y dejándolo muy mal a este el cual queda bastante maltrecho. Gaara se enoja y decide terminar la batalla con su técnica Ataud de Arena, Lee muy mal no consigue vencerlo y queda agotado al final Gaara gana el combate y casi mata a Lee, de no ser por Guy Sensei.

Ch?ji lucha contra Dosu en el combate final del examen preliminar quien al final Dosu sale vencedor. Orochimaru le pide a Kabuto matar a Sasuke pero Kakashi lo detiene, Naruto descubre que él debe entrenar con un nuevo maestro para prepararse para los exámenes finales ya que Kakashi entrenaría con Sasuke.

Naruto, en la preparación para el tercer examen de Ch?nin, comienza su entrenamiento con Ebisu el cual le coloca una prueba si logra escapar de él y lo logra, él lo dejaría de entrenar y lo dejaría tranquilo pero lo que no sabe Naruto es que Ebisu es muy bueno, al final del episodio se encontraran con una ligera batalla inesperada.