Después de que Jiraiya golpea a Ebisu, Naruto se queda sin un tutor. Naruto logra convencer a Jiraiya para que lo entrene usando su Jutsu Sexy. Mientras Jiraiya supervisa el entrenamiento de Naruto, rápidamente se da cuenta de que Naruto es el recipiente del Zorro de las Nueve Colas. Jiraiya desbloquea el sello que Orochimaru le había puesto a Naruto en el bosque, y Naruto capta rápidamente el concepto de caminar sobre el agua. Después, Jiraiya habla con Naruto sobre sus dos tipos de chakra que Naruto llama Chakra Azul y Chakra Rojo.

Naruto trata de aprender una técnica muy poderosa (el jutsu de invocación), pero en el transcurso de su aprendizaje se dará cuenta de que no es tan fácil. Mientras tanto, Hayate Gekko descubre la alianza entre la aldea de la Arena y el Sonido para destruir la Aldea dela Hoja. Sin embargo, es asesinado por Baki.

Sakura lleva flores al hospital para Rock Lee y Sasuke pero ambos han escapado del hospital. Lee despierta del encuentro con Gaara y aún muy débil se pone a entrenar.

Jiraiya al ver el poco progreso de Naruto decide que solo hay un modo de que aprenda la técnica: enfrentándolo a la muerte.

Naruto logra poder sacar suficiente chakra del kyubi para invocar a Gamabunta (la invocación de Jiraiya), pero debe probar que es digno de ser su amo.

Gaara trata de matar a Lee pero Naruto y Shikamaru logran detenerlo y en el último momento llega Guy para intervenir.

Las rondas finales comienzan. Naruto se tranquiliza, gracias a la charla que tuvo con Hinata. Luego trata de llegar a la arena a tiempo ayudado por Konohamaru.

El encuentro entre Naruto contra Neji comienza.

La batalla no va bien para Naruto, Neji le cuenta la historia del Clan Hy?ga acerca de las ramas del clan la rama principal y la rama secundaria a la que Neji pertenece.

Neji es muy poderoso y logra utilizar el ataque de las 64 palmas hakke contra Naruto, la cual Naruto sale muy mal este muy maltrecho logra controlar el chakra del zorro de 9 colas y con sangre fría traza una estrategia para lograr ganarle a Neji.

Naruto gana el encuentro, mientras que Neji aprende la verdad detrás de la muerte de su padre la cual es revelada por el padre de Hinata. La batalla de Shikamaru contra Temari es adelantada ante el retiro de Kankuro en su pelea contra Shino.

Temari comienza la batalla, pero Shikamaru demuestra sus habilidades trazando estrategias en combate quien al final logra capturarla con jutsu. Sin embargo, Temari resulta vencedora.

El Hokage fija un límite de tiempo para que Sasuke llegue antes de que lo descalifiquen; él hace una entrada de último segundo con Kakashi.

La batalla entre Sasuke y Gaara empieza. Sasuke ataca a Gaara con sus nuevas técnicas las cuales son parecidas al Taijutsu de Lee. Al ver esto, Gaara se encierra en un escudo de arena.

Al no poder tocar a Gaara, Sasuke usa su nueva técnica (enseñada por Kakashi), el Chidori.

Las aldeas de la Arena y el Sonido comienzan su ataque a Konoha invocando tres gigantescas serpientes las cuales empiezan a destruir lo que se les presenta. Orochimaru se revela ante el Hokage y se preparan para pelear.

Kakashi asigna a Naruto, Pakkun (invocación de Kakashi), Sakura, y Shikamaru para detener el ataque de Sasuke contra Gaara, Temari y Kankuro quienes escapan de la arena de batalla.

Con los ninja del Sonido cerca, Shikamaru se prepara para sacrificarlo todo a favor de la misión el cual logra detenerlos un rato hasta que Asuma llega y acaba con los enemigos.

Orochimaru invoca a los dos primeros Hokages maestros de Sarutobi. Los intentos del Tercer Hokage para detenerlos son inútiles, ya que estos están bajo la influencia de Orochimaru. Sarutobi invoca a Emma (el Rey Mono) quien le ayuda en la batalla.

Orochimaru revela sus intenciones las cuales son poder dominar todos los jutsus conocidos pero debe primero desarrollar una técnica que lo haga inmortal mientras el Tercer Hokage prepara su última técnica.

El Tercer Hokage usa el sello de la muerte para sellar las almas de sus antepasados e intenta eliminar a Orochimaru pero ambos quedan en una encrucijada.

Gaara se recupera del Chidori de Sasuke el cual es forzado a revelar su mejor técnica para ganar ya que Gaara empieza a transformarse. Mientras Kankuro combate con Shino en el cual los dos quedan indispuestos.

Sasuke no puede derrotar a Gaara así qué utiliza 2 Chidoris más a pesar de las consecuencias, impulsado por los recuerdos de odio hacia su hermano Itachi. Sasuke no logra herirlo y su sello maldito se libera dejándolo inmóvil. Naruto llega a salvarlo y se prepara para pelear contra Gaara.

Gaara mira en su pasado y recuerda como era despreciado por los niños de la aldea de la arena y como Yashamaru lo cuidaba, lucha enojado para ver porque Naruto está dispuesto a luchar por sus amigos y no por si mismo.

Gaara se transforma completamente y el Shukaku consigue el control completo sobre su cuerpo. Naruto pone a prueba la técnica que aprendió pero invoca a Gamakichi en vez de Gamabunta.

Naruto enfurecido golpea a Gaara con un par de nuevos movimientos como: el ataque de "mil años de muerte" de Kakashi modificado y una rafaga de dos mil golpes, pero Gaara tiene un movimiento final. Él permite ser poseído totalmente por el Shukaku. Naruto por su parte invoca a Gamabunta y luego hacen una técnica de transformación con garras y dientes (el Kyubi) para poder aferrarse a Shukaku y revertir la técnica de Gaara.

Konoha contraataca luego de evacuar a los civiles y los Ninja (Naruto) la defienden juntos con los ANBU y el original equipo Ino-chika.cho. Naruto por fin vence a Gaara de un cabezazo y a su vez al Shukaku. ¡El Hokage no tiene suficiente chakra para sacar el alma entera de Orochimaru y sellarla, pero con sus últimos esfuerzos le alcanza para sellar sus brazos.

Se frustran los planes de Orochimaru y se retira junto con sus secuaces y los cuatro del sonido. Triste y emotivo episodio en el cuál transcurre el entierro del tercer hokage y todos los ninjas caídos del ataque de Orochimaru a Konoha.

Itachi Uchiha ha vuelto dispuesto a atrapar a Naruto junto a su compañero Kisame pero en su camino se topa con los J?nin de Konoha, Kurenai Yuhi, Asuma Sarutobi y por último con quienes se enfrentan Kakashi llega a la batalla . Por su parte el congreso de Konoha descubre que la aldea de la Arena les atacó engañada por Orochimaru y por tanto, el Kazekage ha muerto por el temible Orochimaru.

Kakashi llega para intervenir y entonces comienza la pelea contra Itachi el cual le dice que aunque tenga el Sharingan no puede igualar lo que un Uchiha es capaz de hacer con lo cual Itachi usa su Mangekyou Sharingan para derrotar a Kakashi con el Tsukuyomi Itachi deja muy maltrecho a Kakashi , pero Maito Gai llega e Itachi y Kisame Deciden escapar ya que el pelear no era su objetivo .

Sasuke Uchiha escucha en una conversación que su hermano Itachi ha vuelto, lo que no sabe es que es por naruto y no por él, Sasuke dispuesto a salir a buscarlo Jiraiya se marcha con Naruto a buscar a Tsunade; Jiraiya recuerda su entrenamiento con el 3er Hokage; al final el Sannin en vez de proteger a Naruto se marcha con una mujer, Itachi y Kisame encuentran finalmente a Naruto.

Mientras Itachi y Kisame encuentran a Naruto, Sasuke recuerda cuando todo su clan fue masacrado por su hermano Itachi Uchiha, luego intenta atacar a Itachi con el Chidori pero no lo consigue, e Itachi le rompe su muñeca izquierda, Naruto libera algo del Chakra del Kyubi para ayudarlo, pero Kisame absorbe fácilmente su chakra con su espada, en el último instante Jiraiya llega para salvar a ambos.

Aunque Jiraiya se prepara para luchar contra los dos miembros de Akatsuki, Sasuke proclama que va a matar a Itachi. Itachi golpea brutalmente su hermano, incluso usa el Tsukuyomi en él. Mientras Sasuke cae inconsciente, Jiraiya utiliza el caos para preparar una técnica de gran alcance, lo que obliga al equipo de Akatsuki a huir. Guy llega y toma a Sasuke de vuelta a Konoha. Antes de irse, pide a Naruto y Jiraiya encontrar a Tsunade, con la esperanza de que ella será capaz de curar las heridas de Lee. Ellos lo tranquilizan ya se disponen reanudar su búsqueda.

Naruto disfruta de un día en la ciudad, mientras que Jiraiya hace una pequeña investigación en el paradero de Tsunade. Cuando Jiraiya termina usando su tiempo (y el dinero de Naruto) para disfrutar del Alcohol y las mujeres, Empieza a enseñarle a Naruto el Rasengan con un supuesto gran ninja chunnin de la aldea de la roca. Para empezar a aprender la técnica, Naruto debe estallar un globo lleno de agua en la palma de su mano, haciendo girar el agua con su chakra, algo que comienza con gran entusiasmo.

Poco después de su formación comenzara, Naruto se ve incapaz de hacer cualquier progreso. Después de pedir consejo a Jiraiya, Naruto decide que va a dominar el Jutsu en tres días. Jiraiya duda la posibilidad de que Naruto va a la altura de esta promesa y explica que la técnica de su creador, el Cuarto Hokage, tomó tres años para desarrollar el Rasengan en su forma actual. Luego pasa a explicar que hacer estallar el globo es solo uno de los tres pasos, y deja de Naruto para reanudar su entrenamiento. Naruto pronto descubre que para tronar el balón es más fácil si utiliza las dos manos, y avanza a la segunda etapa.

El segundo paso consiste en Naruto haciendo estallar una pelota de goma, algo que requiere mucho más poder. Después de la lucha de Naruto con este paso, Jiraiya le ayuda al trazar una hoja en la palma de su mano para darle un punto para concentrar sus esfuerzos. Con algo de práctica adicional, Naruto es capaz de completar esta etapa también. En otro lugar, Tsunade, una jugadora de muy mala suerte, llega a una racha ganadora, lo que lleva a creer que algo malo está por suceder. Lo que es correcto ya que cuando ella trata de salir de la ciudad junto con shizune, se encuentra con Orochimaru y Kabuto.

Naruto tiene la tarea de combinar el giro y la potencia desarrollada en los pasos anteriores, algo que Jiraiya no le puede ayudar. En su intento de hacer las dos cosas, una frágil y enfermizo Orochimaru pide a Tsunade curar sus brazos, como el sello del Tercer Hokage le causa un dolor insoportable y hacer si cuerpo inutilizable, dejándolo incapaz de utilizar Jutsus. A pesar de que no tiene intenciones de ayudar a Orochimaru, debido a la muerte el Tercer Hokage, Tsunade decide examinar la cuestión cuando se ofrece para revivir a su hermano muerto, Nawaki, y su novio, Dan. Orochimaru le da una semana para pensar en ello, y se va.

Mientras Tsunade cena esa noche, Jiraiya y Naruto llega a la misma barra. Desconfiando de la razón Jiraiya ha buscado por ella, Tsunade pide que le diga lo que quiere, a lo que responde que Konoha quiere que sea la nueva Hokage. Ella rechaza la oferta, diciendo que cualquiera que de buena gana tomaría el título es un tonto. Naruto, enfurecido por la falta de respeto el título de Hokage y los que han mantenido su posición, desafía Tsunade a una batalla. Los dos salen, pero Tsunade rápidamente resulta ser mucho mejor que Naruto. No dispuesto a darse por vencido, Naruto prepara su imperfecto Rasengan para un ataque.

Reconociendo el peligro del imponente ataque, Tsunade lo empuja hacia el suelo, donde el menor daño que inflige indica que aún no ha concluido. A pesar de esto, Tsunade ofrece a Naruto una proposición: Si es capaz de dominar la técnica en una semana, va a darle su collar, algo digno de una inmensa cantidad de dinero. Si no puede, ella consigue todo el dinero en su billetera. Naruto está de acuerdo a la apuesta, y se va a comenzar a entrenar. Tsunade se reúne con Jiraiya para tomar una copa, donde le dice que él es consciente de que Orochimaru le ha ofrecido algo. Jiraiya deja claro que la matará si ayuda a Orochimaru. Mientras tanto, Naruto sigue entrenando, con la intención de ganar la apuesta con Tsunade.

Como la semana pasa, Naruto sigue su entrenamiento, aunque no es capaz de mezclar correctamente el poder para girarlo pero ya tiene resultados variables. Tsunade ve el progreso de Naruto en el fondo, teniendo en cuenta el grado de similitud es que tanto su hermano muerto y novio. Una vez que pasa una semana, Naruto parece haber tenido éxito y se pone inconsciente por la fatiga. Jiraiya, todavía tiene dudas sobre la situación con Orochimaru y Tsunade, decide sacarla de las bebidas y le recuerda acerca de la apuesta con Naruto. Mientras están juntos, Tsunade pone drogas en su bebida, poniéndolo a dormir. A la mañana siguiente, Tsunade se reúne con Orochimaru como había prometido, y se prepara para curar sus brazos. Antes de que pueda hacerlo, ella se detiene por el asistente de Orochimaru, Kabuto.

Tras reconocer que el Jutsu de curación de Tsunade estuvo hecho con la intención de matar, Kabuto se dio cuenta de que ella no tenía ninguna intención de ayudar a Orochimaru. Como Tsunade es la única persona que puede curar a Orochimaru, deciden tomarla por la fuerza, y Kabuto y Tsunade comienzan a luchar. Aunque Tsunade tiene más experiencia en la batalla que Kabuto, es capaz de sostener su fuerza en su contra, llegando incluso a conseguir un debilitar algunos ataques. Como Kabuto se prepara para poder matar a Tsunade, Naruto, Jiraiya, y la asistente de Tsunade, Shizune, llegan para ayudar. Interesados en su asistencia, Tsunade intenta reanudar su batalla con Kabuto, aunque el corta la palma de la mano, paralizandola debido a su miedo a la sangre. A medida que se toma a un lado para recuperarse, Naruto y Shizune lanzan ataques a Kabuto, que el puede esquivarlos. Por último Jiraiya afirma que él y Shizune deben unirse para derrotar a Orochimaru y Kabuto, respectivamente.

Con Tsunade fuera de la pelea debido a su miedo paralizante por la sangre, Jiraiya asume el reto de derrotar a Orochimaru. Kabuto comienza a insultar a Tsunade, que irrita a Naruto y le da la fuerza para luchar contra Kabuto y proteger a Tsunade. Sin embargo, Naruto no es rival para Kabuto y la determinación de Naruto trae de vuelta los recuerdos de Tsunade sobre Nawaki, Dan, y la apuesta realizada entre ella y Naruto. Naruto, en el fragor de la batalla, crea un método único en el que utiliza un Clon de Sombra para ayudar a dividir las funciones de rotación de los chakras y es capaz de reunir toda la fuerza que le queda para hacer un ataque final con su mano derecha, el Rasengan. Después de haber haber derrotado a Kabuto, se desmaya después de dominar el jutsu nuevo.

A pesar de utilizar una técnica de curación de gran alcance, las heridas Kabuto son demasiado extensas para que él las pueda curar. Cuando Naruto se derrumba debido a los daños de los últimos ataques de Kabuto, una falla en el corazón de Naruto, hace que Tsunade intente salvarlo, deseando salvarlo a él ya su sueño de convertirse en Hokage. Sus esfuerzos funcionan, y él vuelve en sí lo suficiente como para reclamar el collar que le ha ganado por la apuesta. Orochimaru, reconoce a Naruto como una amenaza potencial en el futuro, así que intenta matarlo. Tsunade, decidida a hacer que Naruto se convierte en Hokage, supera su miedo a la sangre y se usa como escudo humano para bloquear el ataque. Cuando se le preguntó por qué iba a arriesgar su vida para salvarlo, Tsunade le responde que es su deber como la Quinta Hokage, finalmente, aceptando el papel que se le ofreció. Con la intención de eliminar a sus antiguos compañeros de equipo, Orochimaru convoca a Manda mientras Tsunade y Jiraiya convocar a Katsuyu y Gamabunta respectivamente.

Katsuyu y Gamabunta hacen un doble equipo contra Manda, aunque este último es capaz de mantenerse al margen. Usando su fuerza sobrehumana, Tsunade es capaz de clavar a Manda hacia abajo y da un golpe final a Orochimaru. La decisión de utilizar su último recurso para recuperar el uso de sus brazos, Kabuto se retira con Orochimaru diciendo que existen otros medios para curar su brazos y volver cuando encuentre el elixir de la vida, dejando a Tsunade, Jiraiya, Shizune, y Naruto a su suerte. Una vez que Naruto se recupera y descubre la aceptación de Tsunade del título de Hokage, señala que es un indigno del puesto de trabajo debido a que el Tercero fue mejor en todas las formas posibles. Esto hace que los dos tengan otra pelea, aunque esta vez Tsunade le da un beso a Naruto en la frente en lugar de un golpe en la cara. Posteriormente, el grupo parte hacia Konoha.

En su camino de regreso a Konoha, el grupo se toma un descanso en una ciudad de aguas termales. Naruto se entera de que dos ninjas de la familia Akagi no puede regresar a casa a menos de que cobren las deudas que tiene Tsunade, el intenta ayudarlos. Shizune, por temor a que las deudas de Tsunade pondrían en peligro sus posibilidades de convertirse en Hokage, se disfraza de Tsunade para detener a Naruto, pero ninguno de ellos se da cuenta de que la deuda había sido pagada.

Naruto y compañía llegan a Konoha y ya se está preparando la ceremonia para el Quinto Hokage . Tsunade le comunica a Rock Lee y Maito Gai una dura noticia. Konohamaru no puede creer que halla un nuevo hokage, el corrió a la oficina de su abuelo, choca con Tsunade y este le pide explicaciones.

Konohamaru, el nieto del tercer Hokage, es incapaz de aceptar a Tsunade como sucesor de su abuelo y hace lo que puede para impedir su toma de posesión. Como Tsunade hace la investigación, con la esperanza de aumentar las posibilidades de que Lee pueda sobrevivir a la operación, Naruto trata de convencer a Konohamaru de que ella va a ser un buen Hokage. Después de que Tsunade demuestra su fuerza y capacidad de curación, Konohamaru decide que Tsunade puede ser Hokage y que la memoria de su abuelo no se desvanezca.

Guy y Lee discuten sobre la operación, Lee expresa sus temores de morir, así como sus temores de no ser un ninja. El recuerda dos cosas acerca de su tiempo juntos, y Guy finalmente decide que si Lee muere durante la operación, por lo que será, ya que no puede vivir si Lee no es un ninja. Las Palabras de Guy inspiran a Lee, y él decide tomar la operación. Mientras tanto, Tsunade consigue aumentar las probabilidades de supervivencia de Lee a 50%, y está convencida de que lo más probable es que Lee sobreviva a la operación. Tsunade se inaugura como Hokage, y el papel de protector de la aldea se pasa a ella.

En este episodio basado en un especial omake, Naruto convence a Sakura e incluso a Sasuke para ayudarlo a ver lo que hay bajo la máscara de Kakashi, su cara. Cada uno de sus planes, como la compra de su ramen para obligarlo a quitarse la máscara mientras él come o espiarlo, no funciona para descubrirlo. Al mismo tiempo, sin darse cuenta y sin saberlo frustran los intentos de tres ninjas para matar a Kakashi, por razones ridículas. Por último, Kakashi está de acuerdo en que se quitara la máscara, revelando otra ligeramente más pálida máscara por debajo de la otra. Los chicos están descontentos por el resultado.

El equipo 7, sin Kakashi, se da una misión para proteger a un joven, Idate, durante su carrera a pie en contra de un clan rival para resolver la disputa entre ambos clanes. Idtae, sin embargo, tiene una fuerte aversión por los ninjas. Al inicio de la carrera, el corre en la dirección equivocada, confundiendo a todos.

El Equipo 7 sigue a Idate a otro puerto, lo que lo convierte en un mejor punto de partida de la parte navegación de la carrera, debido a los vientos y la corriente. En el camino, son atacados por los ninjas de lluvia del examen Ch?nin, que han sido contratados por el otro clan. El Equipo 7 defiende a Idtae y le piden que nade hacia la orilla, mientras que ellos siguen adelante. Lo hace, pero se enfrenta a Aoi, un ninja de la aldea de la lluvia.

Aoi se burla de Idate y lo ataca. El Equipo 7, que aún están nadando hacia la isla, son atacados bajo el agua por los ninjas de la lluvia. Usando el primer paso de la formación del Rasengan, Naruto crea un enorme torbellino que los salva. A continuación, tratar de rescatar a Idate, pero al llegar no puede competir con Aoi, que lo envenena y se va. Sakura le da todas las medicinas que Tsunade le había dado, y buscan refugio en una cueva. Idate explica que una vez fue un ninja de Konoha, pero fue engañado por Aoi para traicionar a la aldea después de reprobar el examen de Chunin.