Nikita y Michael planean hacer caer División y se preparan para usar el contenido de la caja negra. Amanda dirige ahora la agencia, pero Supervisión ha asignado a su propio agente, Sean para controlarla. La primera misión de Amanda es recuperar la caja negra, tarea para la que contará con Álex. Ésta se niega hasta que Amanda le promete ayuda para encontrar al hombre que mató a su padre. Mientras, Nikita y Michael contarán con la ayuda de un aliado inesperado.

Mientras investigan P9, un viejo programa de División que parece haber resurgido, Nikita y Michael contactan con Owen. Él les cuenta que está buscando al doctor Joseph Mars, que no es sólo la mente detrás de P9, sino también el inventor de Regimen. Michael se muestra reacio a confiar en Owen, pero Nikita insiste en la necesidad de trabajar con él. Mientras, Percy pide una reunión con Álex.

Birkhoff le cuenta a Nikita y Michael que en la caja negra hay un archivo sobre un terrorista internacional, Ramón, responsable de varios asesinatos políticos y ahora trabaja para División. Nikita capturó a Ramón hace años. Amanda convence a Álex para que mate a Antón Kichenko, un hombre que solía trabajar para el padre de Alex, aunque pretende que Ramón se lleve el mérito por ese asesinato. Cuando Nikita estropea el plan de Amanda, ésta decide arrebatarle lo que más quiere.

Nikita se entera de que un viejo compañero de División, Kelly, ha escapado de una prisión turca. Nikita estaba convencida de la muerte de Kelly y se sentía responsable, puesto que había ocurrido durante la misión en la que Nikita escapó de la agencia. Temiendo que Kelly se convierta en objetivo de Amanda, Nikita convence a Michael para viajar a Turquía y ayudarla. Amanda envía a Álex y Ryan a Europa para evitar el reencuentro entre las dos excompañeras.

Michael descubre que Cassandra, una mujer con la que mantuvo un romance durante una misión de División, está en peligro. El sentimiento de culpa por cómo terminaron las cosas entre ellos lo empuja a ayudarla, pero Nikita sospecha que hay algo más. Amanda manipula a Álex para que la ayude, pero Sean descubre una mentira y comienza a sospechar de los verdaderos objetivos de División.

Mientras busca información en la caja negra, Birkhoff se encuentra con la partida de nacimiento de Nikita. Michael y Nikita localizarán a su padre biológico, pero la reunión con él no será lo que la joven esperaba. Mientras, Percy le cuenta a Álex que la caja negra contiene información que podría ayudarla a vengar la muerte de su padre.

Durante su estancia en prisión Ryan descubre patrones de la financiación de Supervisión. Ryan concierta una reunión con Nikita, pero Amanda intercepta la comunicación entre ellos y alerta a Supervisión, que envía su propio equipo para interrogar a Ryan. Nikita y Michael tratarán de sacar a Noah de prisión antes de que Supervisión llegue a él.

Michael se preocupa cuando se entera de que Cassandra está en problemas, y trata de ayudarla. Descubre que el general Tupelov la ha acusado de robar dos millones de dólares y la amenaza con matarla a menos que los devuelva. Nikita comienza a sospechar que la historia de Cassandra no se sostiene. Mientras, Álex recibe una oferta muy tentadora de Percy, que podría darle los recursos necesarios para eliminar a Sergei Semak.

Nikita roba fondos de Supervisión, forzándolos a concertar una reunión de emergencia. Nikita y Birkhoff planean el modo de identificar a los miembros de Supervisión, pero las cosas se ponen feas cuando Sean captura a Birkhoff. Amanda quiere averiguar dónde se esconde Nikita y cuando Birkhoff se niega a revelarlo, es torturado. Mientras, Álex idea un plan para reclamar el imperio de su padre. Con un precio sobre su cabeza, Alex se da cuenta de que el modo más fácil de entrar en Rusia sin llamar la atención es el mismo que utilizó para salir, a través de una red de tráfico de mujeres.

Con Michael fuera de la ciudad, Nikita le pide a Owen que le ayude a localizar otra caja negra. Lamentablemente, pronto descubrirá que Owen trabaja para alguien que puede tumbar la operación de Nikita. Amanda se da cuenta de que Álex recibe información sobre Semak, una información que sólo puede venir de Percy. Ya en Rusia, Álex se encuentra finalmente con Semak.

Álex se dirige a su casa natal, dispuesta a enfrentar los fantasmas de su pasado. En una misión distinta, Nikita llega también a la casa para robar la caja negra de Semak. Nikita y Álex se encuentran y deciden unir fuerzas. Mientras, Michael y Owen trabajan juntos para averiguar el plan secreto de Percy con los guardianes.

En un intento desesperado por proteger a su madre, Sean ataca a Nikita y Michael. Mientras Percy consigue una importante ventaja sobre Amanda y la amenaza con hacer caer División a menos que lo libere.

Percy localiza a los miembros de Supervisión y ordena a sus guardianes que los maten, a menos que Amanda acepte sus demandas. Además, amenaza con introducir un gas mortal en División que mataría a todo el mundo. Nikita debe decidir si salva a los miembros de la agencia a la que quiere destruir. Mientras, Sean pide la ayuda de Nikita, Michael y Álex para salvar a su madre de los guardianes de Percy.

El plan de Percy de abatir División continúa y pone en el punto de mira a la mentora de Nikita, Carla, la mujer que la sacó de las calles. Determinada a llegar a Carla antes que Percy, Nikita usa a Madeline para enviarle un mensaje, aunque éste lo intercepta. Mientras, Amanda le dice a Álex que es la hora de acabar con Zetrov y revelar al mundo que Alexandra Udinov está viva.

Mientras tratan de ayudar a Carla a recordar su pasado, Nikita y Michael descubren que en él está la clave para acabar con División. Carla recuerda la noche en la que Nikita fue arrestada. Mientras, Álex se descubre en una rueda de prensa de Zetrov donde Semak está hablando, y anuncia que ella es Alexandra Udinov.

Una enorme amenaza se cierne sobre División, que ve cómo sus agentes son asesinados uno por uno. Amanda se da cuenta de que Percy está detrás de los ataques y que trata de minar su autoridad entre los agentes. Es entonces cuando llama a Nikita y le ofrece un trato: parar a Percy a cambio de entregarle a Ryan.

El ex agente está furioso cuando descubre un secreto que Cassandra le ha ocultado, por lo que vuela junto a Nikita a Moscú para confrontar su información con ella. Mientras, Álex hace un último esfuerzo para encontrar a su madre enviando un mensaje en una entrevista televisiva.

Amanda y Ari conciertan una reunión con Zetrov y se preparan para arrebatarle la compañía. Después de un cara a cara entre Amanda y Nikita, esta última recuerda cómo era Amanda cuando llegó a División.

Cuando trabajaba para División, Nikita espió a un hombre llamado Nicholas Brand y se infiltró en su círculo íntimo. Lo capturó y ha estado entre rejas desde entonces. Ahora Percy lo ha reclutado y su primera misión será capturar a Nikita y vengarse. Cuando la apresa, será torturada y obligada a enfrentarse a una parte de sí misma que había enterrado en lo más hondo de su ser. Mientras, Percy sigue con sus juegos y manipulaciones con Michael, Alex y Sean.

Nikita convence a un reacio Birkhoff a usar 20 millones de dólares de su fortuna para tender una trampa a Percy, pero éste termina robándole todos los ahorros de su vida. Tratando de recuperar lo perdido, Birkhoff cae en una trampa del FBI, por lo que termina siendo arrestado. División se entera del arresto y Percy envía un equipo, pero Nikita tiene otros planes. Michael y Sean localizan el dinero robado de Birkhoff.

Cuando parece que el plan con armas nucleares de Percy se ha salido de madre, Ryan sugiere que es el momento de involucrar a la directora de la CIA, Morgan Kendrick. Nikita se opone firmemente, pero Michael se alinea del lado de Ryan. La tensión aumenta cuando Nikita descubre que hay una conexión entre Kendrick y Percy. Mientras, los hombres de Percy disparan a Sean.

Percy llama al presidente de los Estados Unidos y lo amenaza con una explosión nuclear a menos que ceda a sus demandas. Birkhoff encuentra a dos científicos que podrían detener el satélite nuclear. Alex y Sean son capturados y encerrados en las instalaciones que Percy planea volar a modo de demostración de fuerza. Nikita comprende que el único modo de parar a Percy es entrando en División.

Nikita y Michael invaden División en un intento de capturar a Percy. Alex y Sean siguen atrapados en plena línea de fuego en la batalla entre la Armada. Ryan ha de convencer al presidente de EEUU de que no destruya División hasta que Nikita y Michael salgan del edificio, pero el presidente no está por la labor de escuchar. Mientras, Birkhoff pide ayuda a Sonya, y Nikita se enfrenta a Percy en su oficina.