En el estreno de la temporada, tres meses después de los acontecimientos del final de la primera, la U.S.S. Cerritos participa en una misión en la que un fenómeno de ciencia ficción desencadena una “energía extraña” que el comandante Ransom absorbe sin darse cuenta.

Nuestros cubiertas inferiores favoritos tienen problemas para congeniar con el alférez Jet Manhaver, al que le han asignado la litera y las tareas de Boimler. Mientras tanto, descubrimos que la vida de Boimler a bordo de la U.S.S. Titan es más intensa de lo que esperaba.

La doctora T'Ana le asigna un encargo especial a Tendi, que elige a Mariner para que la acompañe. En la U.S.S. Cerritos, un misterio sobre la tripulación del puente tiene en ascuas a Rutherford.

Envían a la U.S.S. Cerritos a un planeta para investigar el inexplicable avistamiento de un peligroso mugato.

Mariner y Boimler intentan encontrar la localización de una legendaria fiesta de la Flota Estelar. Mientras tanto, la tripulación del puente se las verá con un diplomático alienígena con baja autoestima.

Toca día de consolidación de anomalías en la nave Cerritos y en las cubiertas inferiores se viven sentimientos encontrados. La capitana Freeman intenta negociar la paz con el planeta Pakled.

Mariner y Boimler se quedan tirados en un planeta desierto con un ordenador sintiente. En la Cerritos, el teniente comandante Billups debe demostrar sus habilidades ingenieras ante una vieja adversaria.

Una formadora llega a la U.S.S. Cerritos para hacer unos simulacros que requieren que la tripulación de las cubiertas inferiores y la del puente intercambien sus puestos.

Boimler intenta hacerse amigo de alguien del puente de mando mientras la tripulación de la U.S.S. Cerritos disfruta de un día libre durante un largo trayecto espacial.

En el final de la segunda temporada, la U.S.S. Cerritos recibe la orden de ayudar a una nave de clase Excelsior en una misión de primer contacto.