Un samurai se embarca en una misión para destruir al malvado mago Aku. Antes de poder completar su tarea, un hechizo lo envía hacia un muy lejano futuro, en el que descubrirá un mundo en el que Aku domina todo. Tomando el nombre de "Jack", el samurai intentará retornar al pasado para deshacer todo el mal causado por Aku, descubriendo en su camino diversos enemigos, pero también diversos aliados