Al llegar a Ciudad Mayólica, nuestros héroes se encuentran con su vieja amiga Bel, que les informa de que la Líder del Gimnasio Mayólica, Camila, también es una supermodelo.

Ash se prepara para su Combate contra Camila, la Líder del Gimnasio de Ciudad Mayólica. Ash pasa un montón de tiempo planeando su estrategia, que sale a la luz cuando comienza el Combate de tres contra tres entre el Palpitoad de Ash y el Zebstrika de Camila, que derrotó a todos los Pokémon de Bel el día anterior. Palpitoad sale victorioso, pero se queda agotado. Aún así Ash continúa con él y Camila saca a su Emolga que sabe usar más movimientos, aparte de los de tipo Eléctrico. Emolga derrota a Palpitoad y nos enteramos de que la estrategia de Ash era vencer a todos los Pokémon de Camila sólo con Palpitoad. Tras pedir un tiempo muerto, Ash nos sorprende volviendo con Snivy, pero es derrotado de nuevo por Emolga.

Mientras que nuestros héroes esperan a que el puente de Ciudad Mayólica sea reparado, deciden cómo van a pasar el día. Millo, emocionado, anuncia que va a participar en la Caza de sellos del Metro, que le permitiría librar un Combate contra Fero o Caril, los Jefes de Metro, si consigue obtener 60 sellos Pokémon hasta las cuatro de la tarde.

Justo cuando nuestros héroes están preparados para salir de los límites de Ciudad Mayólica y dirigirse hacia Ciudad Fayenza, se topan con lo que Millo les dice que se llama La Calle de los Artistas, que es una especie de feria callejera para bailarines y músicos. Es allí donde ven al rival de Ash, Trip, que les dice que está buscando nada menos que a Mirto, el Campeón de la región de Teselia. Cuando Trip era solo un niño, Mirto le aconsejó trabajar duro y hacerse fuerte como Entrenador para así, algún día librar un combate.

Corriendo frenético al Gimnasio de Ciudad Fayenza, Ash se sorprende cuando Millo le dice que ni siquiera están todavía en la ciudad. Al poco rato se encuentran con un trío de Maractus y Toby, que ensayan su audición para el Musical Pokémon de Ciudad Mayólica. Toby espera que el trío de Maractus se haga famoso y le ayude a volver a dar vida a su pueblo casi desierto, porque así podría volver a organizar un Musical Pokémon con ellos.

Al hacer un descanso en un Centro Pokémon de camino a Ciudad Fayenza, nuestros héroes conocen a un joven Fotógrafo Pokémon, llamado Roberto, que está encantado de conocer a Pikachu. Tras sacarle fotos entusiasmado, Roberto enseña a nuestros héroes algunas de sus fotos, y otras que sacó su abuelo, que también fue Fotógrafo Pokémon. Sin embargo Iris y Millo se sorprenden cuando ven una foto en la que salen juntos cuatro Sawsbuck de cuatro estaciones diferentes. Roberto les cuenta que quiere encontrar el lugar exacto donde se sacó esa misteriosa foto y nuestros héroes le acompañan.

Mientras Ash hace entrenamiento de combate preparatorio en su camino hacia el Gimnasio de Ciudad Fayenza, nuestros héroes se encuentran a una batalladora y exigente Gothita que enseguida siente un flechazo por el Scraggy de Ash. Gothita le pide a Katharine, su Entrenadora, que intercambie a uno de sus Pokémon por Scraggy, pero cuando le pregunta a Ash si accedería a un intercambio, él dice que no. Katharine entonces desafía a Ash a un combate. Si él gana, se queda con Scraggy, pero si pierde, Scraggy será de Katharine. Tras meterse un rato con Ash, por fin accede.

Haciendo prácticas de entrenamiento de camino hacia el Gimnasio de Ciudad Fayenza, Ash y Millo se sorprenden al toparse con un Deino que resulta que está en una Guardería, dirigida por un chico llamado Bobby. Tras recorrerla, descubren allí un montón de Pokémon asombrosos.

Al llegar a Ciudad Fayenza para el desafío de Ash en el Gimnasio Fayenza, conocen a Yakón, el Líder del Gimnasio. Sin embargo este les dice a nuestros héroes que, de momento, está demasiado ocupado para librar un Combate de Gimnasio, así que Ash le comunica a Yakón que estará en el Centro Pokémon y que le avise cuando esté disponible.

Ash está haciendo prácticas de entrenamiento mientras espera a que Yakón, el Líder del Gimnasio de Ciudad Fayenza, vuelva, cuando nuestros héroes se sorprenden al encontrarse con Zeo, el hermano de Millo, que ha venido a desafiarle a un combate. Millo accede, pero, cuando Zeo y su Pansear pierden contra Millo y Pansage, Zeo, enfadado, culpa de la derrota a Pansear que, furioso, sale huyendo.

Tras volver con un gran saco de Hierba Revivir para el Líder del Gimnasio de Ciudad Fayenza, Yakón, tal y como él pidió, Ash y Yakón se ponen manos a la obra para librar el Combate de Gimnasio. En el combate usarán tres Pokémon cada uno y Yakón comienza utilizando a su potente Krokorok. Ash elige a Oshawott y comienza el combate.

Una vez terminada la Liga de Teselia, nuestros héroes se dirigen a Pueblo Arcilla y al Laboratorio de la Prof.ª Encina. En el camino se topan con una chica que está totalmente de los nervios y que se llama Nanette. Está completamente aterrorizada porque tiene que cruzar un puente que considera inseguro debido a los muchos golpes que le ha aporreado.

Tras volver con un gran saco de Hierba Revivir para el Líder del Gimnasio de Ciudad Fayenza, Yakón, tal y como él pidió, Ash y Yakón se ponen manos a la obra para librar el Combate de Gimnasio. En el combate usarán tres Pokémon cada uno y Yakón comienza utilizando a su potente Krokorok. Ash elige a Oshawott y comienza el combate.

En su camino hacia Ciudad Loza, Millo les habla a Ash y a Iris de la Cueva Electrorroca, y todos se asustan cuando ven que un Joltik está drenando la electricidad a Pikachu y, después, a Stunfisk y a Emolga. Estando en el Centro Pokémon para curar a sus Pokémon agotados, se topan de repente (y literalmente) con su amiga Bel, cuyo Videomisor no funciona. Mientras la Enfermera Joy lo recarga, Bel llama a la Profesora Encina, que ha establecido un campamento base en el interior de la Cueva Electrorroca, donde ella y sus ayudantes están investigando.

Ahora que nuestros héroes y Bel han vuelto con la Profesora Encina a su campamento base en la Cueva Electrorroca, comienza su prevista evolución por intercambio. Tras decidir que primero librarán un combate Shelmet y Karrablast para recoger datos pre-evolutivos, comienzan a aparecer extrañas señales eléctricas en el equipo, que provocan un mal funcionamiento y les obliga a aplazar el combate. Al entrar en la zona siete, descubren a un alterado Klinklang que tiene una pluma atascando su engranaje. La Profesora Encina le saca la pluma y Klinklang, muy contento, vuelve a la normalidad.

Nuestros héroes han sido invitados por Carrasco, el mayor de los Profesores Encina, a unirse a él mientras explora unas ruinas que, al parecer, fueron el lugar de encuentro entre “el héroe” y Zekrom hace mucho tiempo. Carrasco les lee un pasaje de la sección 18 del capítulo oscuro de la mitología Pokémon: “Cuando el héroe convierte la oscuridad en luz y su corazón sea solo uno con el de los Pokémon, Zekrom descenderá y otorgará su poder al héroe.”

En un enfrentamiento contra un furioso Krokorok, nuestros héroes de repente se dan cuenta de que lo han visto antes. Y, tras desafiar Krokorok a un combate a su gran rival Pikachu, una colisión de ataques envía a Pikachu y a Krokorok por los aires.

Mientras nuestros héroes continúan su viaje hacia Ciudad Loza, se produce una pelea entre Oshawott y Tepig. De repente, la estampida de una manada de Bouffalant obliga a todos a echar a correr, pero Iris, Axew, Snivy, Oshawott y Tepig corren en una dirección, mientras que Ash, Millo, Pikachu, Emolga, Pansage y Excadrill corren en otra.

Tras llegar al Gimnasio de Ciudad Loza, a Ash le impacta ver una fila de Entrenadores esperando a desafiar a Gerania, la Líder del Gimnasio de Ciudad Loza. Nuestros héroes pronto descubren que la pasión de Gerania es volar, pero, para poder sacar tiempo para ello, da citas a los aspirantes, divididas entre sesiones de mañana y tarde.

Tras un poco de persuasión, por parte de un grupo de jóvenes aspirantes y del abuelo de Gerania, esta acepta el desafío de Ash para un combate de Gimnasio. Gerania está convencida de que va a ganar, tras imaginarse mentalmente qué Pokémon va a usar Ash. Pero él tiene otros planes...

En el camino, tras haber ganado Ash el Combate de Gimnasio contra la Líder de Gimnasio Gerania, nuestros héroes se encuentran con su amigo Stephan, el cual les habla del Festival de la Campana de los Deseos. Es un concurso donde equipos de Entrenadores y Pokémon compiten por conseguir subir hasta lo alto de la Torre de Loza y tocar la Campana de los Deseos. La leyenda dice que el que haga sonar la campana, verá cumplidos sus deseos.

Tras llegar nuestros héroes junto a su amigo Stephan al Estadio del Club de Combate y al Torneo Clubombazo de Don Jorge, pronto descubren que muchos de sus rivales también han venido a competir: Bel, Trip, Borgoña y Georgia. Al comenzar la primera ronda, Stephan se enfrenta a Edmundo. El Seismitoad de Edmundo es verdaderamente temible, pero el Sawk de Stephan es abrumador. Stephan gana y pasa a la segunda ronda.

Continúan los combates de la primera ronda del Torneo Clubombazo y vemos a Borgoña y a Dewott en su combate contra Iris y Excadrill. Se intercambian potentes ataques, pero, aunque Borgoña no se corta haciendo comentarios de burla contra Iris, Taladradora de Excadrill pone fin al combate, e Iris sale victoriosa.

Presenciamos el último combate de la primera ronda del Torneo Clubombazo. Trip y Conkeldurr se enfrentan a Bel y a Emboar. Pero, justo cuando parece que Emboar va a ser derrotado, unas palabras de aliento de Bel cambian las cosas, y ella pasa a las semifinales. Los ocho Entrenadores que se enfrentarán en los cuatro combates de las semifinales son Stephan contra Millo, Betty contra Ash, Georgia contra Bel, e Iris contra Montgomery.

La semifinal del Torneo Clubombazo está a punto de comenzar. Stephan y Sawk contra Bel y Emboar son los primeros en enfrentarse. Sin embargo, a pesar de que Bel y Emboar han salido victoriosos dos veces seguidas, un aplastante Golpe Karate de Sawk los elimina del torneo, y Stephan pasa a la final.

En su camino hacia Ciudad Teja y el siguiente Combate de Gimnasio de Ash, Iris y él están practicando un poco con el Swadloon de Ash y el Emolga de Iris. Los ataques son rápidos y enérgicos, cuando, de repente, Swadloon evoluciona a Leavanny.

En su viaje hacia Ciudad Teja y el siguiente Combate de Gimnasio de Ash, nuestros héroes se pierden dentro de las múltiples cuevas del Monte Tuerca, y se encuentran con un Investigador Pokémon llamado Ferris, que acaba de hallar un fósil del antiguo Pokémon Pretortuga Tirtouga. Una amiga de la infancia de Ferris, Sierra, que dirige la operación minera en el monte, los echa a todos de las cuevas.

Resumiendo el episodio anterior, nuestros héroes atraviesan el Monte Tuerca, donde conocen a un arqueólogo Pokémon llamado Ferris, que ha descubierto un Fósil Tapa. Sin embargo, el Team Rocket también va tras ese fósil y consigue robarlo y clonar el antiguo y extinto Pokémon Tirtouga. Pero, cuando Tirtouga huye en un estado de miedo y confusión, nuestros héroes corren en su busca.

En su camino hacia el Gimnasio de Ciudad Teja, nuestros héroes deciden pasar la noche en el Club de Combate de Don Jorge en Pueblo Astilbe. Allí presencian un Combate Doble entre dos Entrenadores: Shamus, con sus Guerreros del Fuego, Heatmor y Emboar, y Kylan, con su Mienshao y su Watchog. Shamus derrota enseguida a su oponente, pero, después de oír como Shamus le exige a Kylan que le entregue uno de sus Pokémon como pago, nuestros héroes descubren que Shamus fue el Entrenador que abandonó a Tepig tiempo atrás en Pueblo Terracota.

Mientras atraviesan una montaña en su último tramo hacia Ciudad Teja y el siguiente Combate de Gimnasio de Ash, nuestros héroes se llevan un buen susto cuando miran hacia arriba y ven como dos enormes rocas se les vienen encima. Pero las rocas son demolidas por un hombre asombroso, al que Millo reconoce como Junco, la estrella de cine de artes marciales.

Al llegar a Ciudad Teja, nuestros héroes se quedan sobrecogidos al conocer el Gimnasio de Ciudad Teja, ¡que es puro hielo! Tras darles la bienvenida, Junco acepta el desafío de Ash y da comienzo un combate de tres contra tres. Junco empieza con su Vanillish, y Ash con Krokorok.

Decididos a ir a Ciudad Caolín y el siguiente Combate de Gimnasio de Ash, la Enfermera Joy informa a nuestros héroes de que el Gimnasio ha cerrado, para disgusto de Ash. De repente, una enorme limusina se para y un hombre elegantemente vestido sale de ella y pregunta a Ash por Millo. Millo y el resto de nuestros héroes son metidos dentro de la limusina y se los llevan.

En su viaje hacia Ciudad Hormigón y el siguiente Combate de Gimnasio de Ash, nuestros héroes se sorprenden al toparse con un Vanilluxe (y a Iris le aterrorizan los Pokémon de tipo Hielo) y con su Entrenadora, su amiga Georgia. Esta les dice que va de camino al laboratorio de Investigaciones Ferroseed, dirigido por el Profesor Malveaux, para conseguir un musgo que cultivan allí y que tiene la cualidad de mejorar las habilidades de los Pokémon. Y nuestros héroes deciden acompañarla.

Tras llegar a Ciudad Hormigón, nuestros héroes se quedan encantados con la historia del lugar, y, de repente, se topan con su amigo, el cineasta Luke. Por ganar un festival de cine con la película que rodó con nuestros héroes, La Leyenda del Caballero Pokémon, Luke ha sido invitado a la inauguración de Pokéwood, un lugar que cuenta con estudios de grabación y un cine de última tecnología.

En su camino hacia el Gimnasio de Ciudad Hormigón, nuestros héroes se sorprenden al toparse con varios Entrenadores que aún siguen tambaleándose por su derrota a manos de Hiedra, la Líder del Gimnasio, experta en Pokémon de tipo Veneno. Con la ayuda de Millo, Ash descubre que el Gimnasio es un local de música subterráneo y que Hiedra es la líder de una banda de rock and roll conocida como Koffing y los Tóxicos. Hiedra acepta el desafío de Ash con una condición: quiere que él utilice sus seis Pokémon contra su equipo de tres. Ash no se queda muy convencido, pero ella le asegura que al final agradecerá que le dé ventaja en el número de Pokémon. Ash acepta y el original combate comienza ante una multitud de fans enloquecidos y mucho acompañamiento musical.

El Combate del Gimnasio Hormigón entre Ash y la Líder del Gimnasio, Hiedra, está que arde. Ash, por fin ha conseguido derrotar al poderoso Koffing de Hiedra, pero pronto se descubre que su Scolipede es igual de poderoso, y acaba rápido con el Leavanny de Ash. A él le quedan tres Pokémon contra los dos de Hiedra, pero la ventaja en cuanto a cantidad no significa necesariamente que Ash lleve las de ganar.

Encantado por haber ganado su octava Medalla de Gimnasio y tener asegurada la entrada en la Liga de Teselia, Ash se entera de que no tendrá lugar hasta dentro de tres meses. Pero nuestro héroe está decidido a aprovechar el tiempo al máximo hasta entonces, entrenando muy duro. Y está dispuesto a empezar una vez que haya probado el famoso Beartihelado de Ciudad Hormigón, por recomendación de Millo.

En el avión que les lleva junto a Cintia a Pueblo Arenisca al este de Teselia, nuestros héroes se maravillan ante la cantidad de Pokémon que ven. Y, en cuanto aterrizan, los llevan a la preciosa casa de vacaciones de Cintia, en una limusina conducida por su mayordomo, Jervis. No son conscientes de que Meloetta los ha seguido de forma invisible, hasta que reaparece en el coche en el regazo de Ash. Pero es un tanto tímida y desaparece de nuevo a los pocos minutos. Mientras tanto, el Team Rocket observa en secreto todos sus movimientos.

En la casa de vacaciones de Cintia en Pueblo Arenisca, Ash, Iris y Millo hacen un entrenamiento especial antes de la Copa Júnior del Pokémon World Tournament, pero Maya decide que necesita un descanso. Les habla a los otros de una isla desierta cercana, donde vive un Onix especial y sugiere que vayan a verlo. El mayordomo de Cintia, Jervis, les lleva a la isla en barco. Les deja allí con la promesa de volver antes de la cena y la advertencia inquietante de que tengan mucho cuidado en la isla.

Nuestros héroes se alojan en casa de Cintia mientras se preparan para la Copa Júnior del Pokémon World Tournament. Tras un combate de práctica entre Ash y Maya que termina en empate, un vecino, que se llama Chris y que está muy preocupado, se acerca buscando a su Cubchoo perdido. El niño les dice que no sabe cómo, pero su Cubchoo se ha escapado de su casa Pokémon durante la noche, a pesar de que solo tiene una puerta y Chris está seguro de haberla cerrado desde fuera.

Una feroz batalla aérea está teniendo lugar entre un Hydreigon y un Dragonite. Su batalla perturba a una bandada de Pidove, que se encuentra atrapada en el fuego cruzado cuando intenta dispersarse. Dragonite intenta proteger a la bandada, pero eso lo deja a merced del ataque del Hydreigon, que lo lanza contra el suelo. Dragonite intenta alejarse volando, pero se ha herido un ala en la caída y se estrella en una central eléctrica, dañando parte de las instalaciones.

El Estadio de Pueblo Ladrillo es un hervidero de entusiasmo al ponerse en marcha la Copa Júnior del Pokémon World Tournament. Con los comentaristas Freddy “El Bombazos” y el Campeón Mirto, el torneo comienza con un combate de exhibición entre Cintia, la Campeona de la Liga de Sinnoh, y Catleya, un miembro del Alto Mando de Teselia.

Se celebra la segunda ronda de la Copa Júnior del Pokémon World Tournament, y Ash, Millo, Iris, Maya y Trip compiten en ella. Trip, con mucha seguridad, es el primero en salir y de nuevo gana su combate con rapidez, a pesar de estar en desventaja por el tipo de Pokémon, pasando así a las semifinales.

En el segundo combate de la semifinal de la Copa Júnior del Pokémon World Tournament, se enfrentan el Krokorok de Ash y el Dragonite de Iris. Dragonite hace que Krokorok se tambalee tras un par de potentes golpes directos, pero Krokorok está decidido a resistir. Y, en ese momento, ¡evoluciona a Krookodile! Esto eleva el combate a un nuevo nivel de intensidad. Cuando Krookodile golpea fuerte a Dragonite con un Garra Dragón supereficaz, Dragonite se enfada; y se enfada tanto que comienza a ignorar de nuevo a Iris, soltando un indisciplinado ataque tras otro. Iris, impotente, ruega a Dragonite que se controle y se tranquilice. A Ash le da pena su amiga, pero, al fin y al cabo, es un combate, y Krookodile y él no piensan rendirse. Krookodile gana, y Ash pasa a la final.

Con su victoria en la Copa Júnior del Pokémon World Tournament, Trip se ha ganado el privilegio de combatir contra Mirto, el Campeón de la región de Teselia. Su Serperior y él desarrollan una estrategia inteligente contra el Bouffalant de Mirto, pero la experiencia y la habilidad de Mirto son abrumadoras, y Trip es derrotado. Sin embargo, unos sabios consejos de Mirto hacen recapacitar al joven Entrenador y, durante su despedida con nuestros héroes, parece estar mucho más calmado y feliz que antes.

El nuevo amigo de nuestros héroes, Cameron, va de camino al Gimnasio de Ciudad Marga para ganar su octava Medalla de Gimnasio, y Ash, Millo e Iris deciden acompañarle. Por el camino, Ash y Cameron descubren que tienen mucho en común y charlan animadamente, pero toman un desvío equivocado, separándose de Iris y Millo, y no se dan cuenta hasta que sus amigos están muy lejos. Para empeorar las cosas, comienza a llover a cántaros. Los chicos se refugian en una cueva y, después de encontrarles Meloetta unas Bayas para cenar, deciden dormir un poco.

Ash y Scraggy están entrenando para la Liga de Teselia, cuando se ven envueltos en una refriega entre un Rufflet y un Vullaby. Mientras intentan acabar con la pelea, aparece una ayudante de un Jardín de Infancia Pokémon cercano, que busca a los dos Pokémon peleones. Layla se presenta, y lleva a Rufflet y a Vullaby, junto con Ash, Iris y Millo, de vuelta al Jardín de Infancia. Cuando Millo se entera de que Rufflet y Vullaby no se llevan bien, ofrece sus habilidades de Sibarita para resolver el problema entre los dos. Aunque Vullaby es tímido al principio, un pequeño estímulo de Millo y del resto consigue que enseguida todos los Pokémon del Jardín de Infancia estén jugando juntos muy contentos. Pero, cuando surgen más problemas durante la comida, Vullaby usa Castigo contra algunos de los otros en un intento de calmar las cosas.

Mientras que Ash está haciendo un Entrenamiento Especial en casa de Cintia para prepararse para la Liga de Teselia, los villanos del Team Rocket terminan sus preparativos para poner en marcha su último plan diabólico: la Operación Tempestad.

El Team Rocket ha capturado y llevado a Meloetta al Templo Submarino y ha usado la grabación de la canción de Meloetta para trasladar el templo a la superficie. Y la Operación Tempestad continúa, mientras que Giovanni se hace con el misterioso Espejo Veraz y lo utiliza para convocar a los tres Pokémon legendarios: Tornadus, Thundurus y Landorus.