Logan (Hugh Jackman) se ha vuelto un ermitaño taciturno afligido por la muerte de su amada Jean Grey (Famke Janssen), sobreviviendo en los bosques canadienses hasta que lo encuentra Yukio (Rila Fukushima) quien le tiene la petición de acompañarla hasta Japón pues un viejo conocido de nombre Yashida (Hal Yamanouchi) desea agradecerle por un antiguo favor ofreciéndole una forma de prescindir de sus poderes regenerativos y con ello alcanza la mortalidad que tanto ansia, pero un encuentro con la nieta de este, Mariko (Tao Okamoto), quien resulta ser la heredera de un gran imperio tecnológico, lo lleva a verse atrapado en medio de una disputa familiar que involucra a miembros de un clan de ninjas y a miembros de los Yakuza. Ahora Wolverine deberá decidir si mantiene su naturaleza mutante o se rinde para morir en paz.